Prelāts – un viņa vārdā viņa vikāri – juridiski vada Opus Dei: viņš ir prelatūras ordinārijs.
Šobrīd prelāts ir Mons.Fernando Okarizs. Prelatūras kūrijas centrālā biroja adrese ir 73, Viale Bruno Buozzi 00197 Roma (Itālija).
Prelatūras Opus Dei darbību nosaka Baznīcas vispārējās tiesību normas, apustuliskā konstitūcija Ut sit un pašas prelatūras statūti jeb Opus Dei Īpašo tiesību kodekss. 1983. gadā pieņemtais Kanonisko tiesību kodekss nosaka personālās prelatūras pamattiesības (kanoni 294-297).
Priesteri, kas veido prelatūras prezbitērijs, pilnībā ir prelāta pakļautībā. Prelāts nosaka viņu pastorālos pienākumus, kas tiek veikti, cieši sadarbojoties ar diecēzes pastorālo darbu. Prelatūra uzņemas šo priesteru izdevumu segšanu.
Arī ticīgie laji ir prelāta pakļautībā visā, kas attiecas uz prelatūras īpašo misiju. Viņi ir pakļauti valsts autoritātēm tāpat kā citi pilsoņi un Baznīcas autoritātēm tāpat kā citi katoļticīgie.
Opus Dei vadīšanā prelātam palīdz Centrālā padome, kuras sastāvā ir sievietes, un Vispārējā padome, kas sastāv no vīriešiem. Abu padomju biroji atrodas Romā.Prelatūras vadīšana ir koleģiāla – prelāts un viņa vikāri pilda savus pienākumus, aizvien sadarbojoties ar attiecīgām padomēm, kuru dalībnieki lielākoties ir laji.
Prelatūras vispārējais kongress notiek reizi astoņos gados, tajā piedalās Opus Dei locekļi no dažādām valstīm, kurās prelatūra ir pārstāvēta. Šo kongresu laikā tiek vērtēts prelatūras apustuliskais darbs un prelātam tiek piedāvāti jauni pastorālās darbības mērķi nākotnei. Kongresa laikā prelāts atjauno amatos padomju locekļus.
Prelatūra ir sadalīta zonās jeb teritorijās, ko dēvē par reģioniem. Katru reģionu, kas var atbilst, bet var arī neatbilst kādas valsts teritorijai, vada reģionālais vikārs, kuram palīdz padomes – Reģionālā padome sievietēm un Reģionālā komisija vīriešiem.
Daži reģioni ir sadalīti delegācijās, kuru teritorija ir mazāka. Šajos gadījumos vadība tiek organizēta tādā pašā veidā – ir delegācijas vikārs un divas padomes. Visbeidzot konkrētajās vietās atrodas Opus Dei centri, kas nodarbojas ar formācijas iespēju un garīgās vadības organizēšanu prelatūras locekļiem viņu jomās.
Pastāv centri sievietēm un centri vīriešiem. Katram no tiem ir sava vietējā padome, ko vada lajs, direktors vai direktore, kam savukārt palīdz vismaz divi citi prelatūras locekļi. Lai nodrošinātu garīdznieka palīdzību prelatūras locekļiem, kas saistīti ar šiem centriem, ordinārijs šo darbu uztic kādam priesterim no savā pakļautībā esošā prezbitērija.
Neviens no vadīšanas pienākumiem netiek uzticēts uz mūžu, izņemot prelāta pienākumus.
Visi prelatūras locekļi sedz savas pašas un ģimenes vajadzības par saviem personiskajiem līdzekļiem, kas gūti savā profesionālajā darbā. Blakus personiskajām vajadzībām Opus Dei locekļi un kooperatori sedz arī prelatūras pastorālo vajadzību izmaksas.
Šīs izmaksas galvenokārt veido prelatūras priesteru uzturēšana un formācija, izdevumi, kas saistīti ar prelatūras kūriju un reģionālajām pārvaldēm vai delegācijām, kā arī atbalsti un finansiālā palīdzība, ko prelatūra piešķir.
Protams, Opus Dei locekļi atbalsta arī baznīcas, draudzes u.c.