Opus Deis prelat är msgr Fernando Ocáriz sedan den 23 januari 2017.
Msgr Mariano Fazio är hjälpvikarie, fader Antoni Pujals i Ginebreda generalvikarie och fader Jorge Gisbert centralsekreterarvikarie.
Prelatsämbetet har sitt säte i: Viale Bruno Buozzi 73, 00197 Rom, Italien.
Prelaturen Opus Dei styrs av den kanoniska rättens allmänna bestämmelser, den apostoliska konstitutionen Ut sit och prelaturens egna stadgar, också kallade Opus Deis partikulärrätt. I lagboken för kyrkorätt 1983 finns de grundläggande normerna för personalprelaturer (§ 294-297), ändrade den 4 augusti 2023 genom motu proprio Le Prelature personali.
De präster som utgör prelaturens prästerskap är helt underställda prelaten. Det är han som tilldelar dem deras pastorala uppgift, vilken ska utföras i nära samverkan med stiftets pastorala organisation. Prelaturen ansvarar för sina prästers uppehälle.
Lekmännen är avhängiga prelaten i det som rör prelaturens specifika uppdrag. De lyder under de civila myndigheterna på samma sätt som alla andra medborgare och under de kyrkliga myndigheterna på samma sätt som alla andra katolska lekfolk.
För att leda Opus Dei få prelaten stöd av ett råd bestående av kvinnor, kallat Centralrådet, och ett annat råd bestående av män, kallat Generalrådet. Båda har sitt säte i Rom.
Generalrådets ledamöter är Josemaría Sánchez Blanco, Marcelo Valenga, Andrew Joseph Laird, Luis Romera och Julien Nagore.
Centralrådets ledamöter är Isabel Sánchez Serrano, María Díaz Soloaga, Nicola Waite, Fernanda Lopes, Kathryn Plazek, Inocencia Fernández, Susana López och Rosário Líbano Monteiro.
Även manliga och kvinnliga delegater från prelaturens olika regionala distrikt ingår i dessa råd. Dessa distrikt är för närvarande 25 till antalet och omfattar 68 olika länder där prelaturens apostoliska arbete är närvarande. Förutom ovanstående personer bistår de centrala råden även prelaturens andlige vägledaren Pau Agulles och prelaturens representant inför den heliga stolen Paul O'Callaghan.
Prelaturen styrs kollegialt: prelaten och hans vikarier utövar alltid sina ämbeten i samarbete med sina respektive råd, vilka huvudsakligen består av lekfolk.
Prelaturens generalkongresser brukar samlas vart åttonde år. Deltagarna är medlemmar från de olika länder där Opus Dei är verksam. Under dessa kongresser granskas prelaturens apostoliska arbete och några riktlinjer för den framtida pastorala verksamheten föreslås för prelaten. Vid kongressen utser prelaten rådsledamöterna.
Prelaturen är uppdelad i områden eller territorier som kallas regionala distrikt. I ledningen för varje regional distrikt – vars utsträckning oftast, dock ej alltid, sammanfaller med ett land – finns en regionalvikarie med sina råd: regionalrådet bestående av kvinnor och regionalkommissionen bestående av män.
Vissa regionala distrikt uppdelas ytterligare i delegationer omfattande mindre delområden. I dessa fall upprepas samma styrelsestruktur: en vikarie för delegationen och två råd.
Inget ledningsuppdrag är på livstid, förutom prelatens.
På lokal nivå finns det Opus Dei-center som i sitt område ansvarar för organisationen av utbildning och själavård åt prelaturens medlemmar. Centren består antingen av kvinnor eller av män. I varje center finns ett lokalråd som leds av en föreståndare – en kvinna eller en man – som är lekman. Varje lokalråd har dessutom minst två ytterligare medlemmar.
För den specifika prästerliga själavården av de medlemmar som är knutna till varje center utser prelaten eller hans vikarier en präst utifrån prelaturens prästerskap.
Alla medlemmar sörjer för sina och sin familjs materiella behov genom sitt vanliga yrkesarbete. Utöver att försörja sig själva står Opus Deis medlemmar och andra medhjälpare för de utgifter som prelaturens pastorala behov medför.
Dessa utgifter är huvudsakligen begränsade till att försörja och utbilda prelaturens präster, upprätthålla det centrala och de regionala styrelsernas säten, samt till de allmosor prelaturen ger. Naturligtvis ger även Opus Deis medlemmar ekonomiska bidrag till kyrkor, lokala församlingar mm.