Jurisdikcia v Opus Dei je v rukách preláta a vikárov, ktorí ho reprezentujú. Prelát je riadnym ordinárom prelatúry.
V súčasnosti je prelátom Opus Dei Mons. Fernando Ocáriz. Generálny Vikár je Mons. Mariano Fazio. Centrálny tlmočník vikár je Mons. Antoni Pujals. Sídlo prelatúry sa nachádza na ulici Viale Bruno Buozzi 73, 00197, v Ríme, Taliansko.
Prelatúra Opus Dei sa riadi normami všeobecného kanonického práva, apoštolskou konštitúciou Ut sit a vlastnými štatútmi – kódexom partikulárneho práva Opus Dei. Kódex kanonického práva z roku 1983 obsahujezákladné normy vzťahujúce sa na personálne prelatúry (can. 294-297).
Kňazi, ktorí tvoria presbytérium prelatúry podliehajú výlučne prelátovi, ktorí im určuje ich pastoračné záväzky a pri plnení ktorých úzko spolupracujú s diecéznymi kňazmi. Prelatúra sa stará o ich finančné zabezpečenie.
Laici sú podriadení prelátovi len v záležitostiach, ktoré sa týkajú špečifického poslania prelatúry. Sú podriadení civilným autoritám rovnako, ako všetci ostatní občania a cirkevným autoritám, ako všetci ostatní katolíci.
Prelát sa vo svojej riadiacej funkcii opiera o spoluprácu so ženskou radou nazývanou Asesoría Central, a mužskou Generálnou radou nazývanou Consejo General. Obidve rady sídlia v Ríme.
Prelát sa vo svojej riadiacej funkcii opiera o spoluprácu so ženskou radou nazývanou Asesoría Central, a mužskou Generálnou radou nazývanou Consejo General. Obidve rady sídlia v Ríme.
Ženská rada zahŕňa Isabelu Sánchez Serrano (Murcia, Španielsko, 1969) za ústrednú tajomníčku a Maríu Díaz Soloaga (Madrid, Španielsko, 1970) za tajomníčku Centrálnej asesórie.
Pre potreby rozličných oblastí formačných a apoštolských aktivít s mladými, rodinami, vo vzdelávacích a sociálnych iniciatívach apod., vymenoval prelát za vicesekretárky Nicolu Waite (Oxford, Veľká Británia, 1979), Carlu Vassallo (Palermo, Taliansko, 1976), Kathryn Plazek (Pittsburgh, USA, 1988). Za prefektku pre štúdium vymenoval Susanu López (León, Španielsko, 1971), za prefektku pre asistentky Rosário Libano Monteiro (Lisabon, Portugalsko, 1960) a za ústrednú prokurátorku – zástupkyňu Inocenciu Fernández (Madrid, Španielsko, 1954).
Mužká generálna rada má troch vicesekretárov, prefekta pre štúdium a generálneho administrátora, ktorí majú na starosti rozličné oblasti formačných a apoštolských aktivít mužov v Opus Dei – iniciatívy s mladými, evanjelizáciu rodiny, teologickú a duchovnú formáciu, atď. Sú to: Javier de Juan (Albacete, Španielsko, 1975), vicesekretár; Carlos Cavazzoli (Buenos Aires, Argentína, 1962), vicesekretár; Matthew Anthony (St. Louis, USA, 1981), vicesekretár; Mons. Luis Romera (Barcelona, Španielsko, 1962), prefekt pre štúdium; a Julien Nagore (Pamplona, Španielsko, 1951; ktorý od mladosti žil v Paríži), generálny administrátor.
Vedenie prelatúry je kolegiálne: prelát a jeho vikári vykonávajú svoje úlohy vždy v spolupráci s prílušnými radami, ktoré zväčšej časti pozostávajú z laikovi.
Generálne kongresy prelatúry sa zvyčajne konajú každých osem rokov a zúčastňujú sa na nich členovia z rôznych krajín, v ktorých Opus Dei pôsobí. Na týchto kongresoch sa analyzujú apoštolské aktivity prelatúry a prelátovi sa následne prezentujú odporúčania týkajúce sa budúcej orientácie pastoračných aktivít. Kongresom predsedá prelát a on aj menuje nové rady.
Prelatúra je rozdelená do teritoriálnych jednotiek nazývaných regiónmi. Na čele každého regiónu, ktorého hranice môžu alebo nemusia kopírovať hranice príslušného štátu, stojí regionálny vikár a dve rady: Regionálna asesoría (regionálna poradná rada pre ženy) a Regionálna rada pre mužov.
Niektoré regióny sa ďalej môžu deliť na delegácie a v rámci svojho teritória majú delegácie obdobnú organizačnú štruktúru ako regióny: na ich čele stojí vikár a dve rady. Napokon na miestnej úrovni fungujú centrá Opus Dei, ktoré poskytujú formačné prostriedky a pastoračnú starostlivosť veriacim prelatúry vo svojom okolí.
Tieto centrá fungujú osobitne pre mužov a osobitne pre ženy. Každé centrum je riadené miestnou radou, na čele ktorej stojí laik (riaditeľ alebo riaditeľka) a pozostáva najmenej z ďalších dvoch veriacich prelatúry. Ordinár prelatúry menuje pre každé centrum kňaza prelatúry, ktorý veriacim poskytuje dušpastiersku starostlivosť.
Žiadna riadiaca funkcia, s výnimkou funkcie preláta, nie je doživotná.
Všetci veriaci prelatúry sú zodpovední za zabezpečenie si svojho živobytia a obživy pre svoju rodinu z prostriedkov nadobudnutých vlastnou prácou. Okrem vlastného finančného zabezpečenia sa členovia Opus Dei, ale aj spolupracovníci Opus Dei, spolupodieľajú na financovaní pastoračných aktivít prelatúry.
Tieto výdavky slúžia najmä na podporu a formáciu kňazov prelatúry, na pokrytie nákladov centrálneho sídla prelatúry, regionálnych rád a delegácií, charitatívnu finančnú pomoc, ktorú prelatúra poskytuje blízkym príbuzným numerárov a pridružených, ak sa ich rodiny ocitli vo veľkej finančnej tiesni. Samozrejme, že veriaci Opus Dei finančne prispievajú aj vo svojich farnostiach, diecéze a pod.