V súčasnosti má Opus Dei na Slovensku a v Českej Republiky asi 150 členov a mnoho spolupracovníkov, ktorí sa podieľajú na rôznych apoštolských činnostiach. Apoštolská práca Opus Dei sa na naše územie rozšírila z Rakúska po páde komunizmu.

Kultúrne a vzdelávacie centrum Ister, so sídlom na Lazaretskej ulici 33 v Bratislave, bolo otvorené prvé centrum Opus Dei pre ženy na Slovensku v roku 1996. Ten istý rok začalo fungovať aj centrum pre mužov, terajší Študentský domov Dowina pre študentov na bratislavskom Námestí slobody 26, kde zároven sídli aj prelatúra Opus Dei s pôsobením na Slovensku. Pre stretnutia kňazov je Teologické centrum Atheneum.
Okrem rôznych formačných aktivít konajúcich sa v bratislavských centrách Dowina a Ister organizujú sa v Košiciach, v Nitre a Žiline duchovné obnovy pre mužov i pre ženy.

V Košiciach je obnova pre mužov každý druhí piatok v mesiaci. Takisto je obnova pre ženy každú štvrtú sobotu v mesiaci. V Nitre je obnova pre mužov každý tretí štvrtok a pre ženy každý štvrtý pondelok v mesiaci. Sporadicky je obnova pre ženy aj v Žiline.

Centrá Opus Dei v Českej republike v Prahe sú Univerzitní centrum Na baště  pre mužov, Študijní centrum Pětidomí a Bělohorská  pre ženy a centrum pre stretnutia kňazov Terasa; v Brne je to Studentskou kolej U Pálavy  a Vzdělávací centrum Brunea.
V Bělokozloch u Sázavy sa nachádza Vzdělávací centrum Palouček, ktoré je určené pre duchovné cvičenia, semináre a rôzne prázdninové pobyty.