Z evanjelií je zrejmé, že Mária Magdaléna mala Ježiša veľmi rada. Vyhnal z nej sedem zlých duchov, nasledovala ho ako učeníčka, vypomáhala mu zo svojich prostriedkov (Lk 8,2-3) a bola s Ježišovou Matkou Máriou a ostatnými ženami, keď bol Ježiš ukrižovaný (Mk 15,40-41). Podľa evanjelistov bola prvá, ktorej sa Ježiš zjavil po zmŕtvychvstaní, keď ho so slzami hľadala (Jn 20,11-18). Odtiaľ pochádza úcta, ktorú má v Cirkvi ako svedok vzkriesenia. (Viď otázka 28. Kto bola Mária Magdaléna?) Z týchto textov nemožno usudzovať, že bola hriešnicou, a ešte menej, že by bola Ježišovou manželkou.
Zástancovia posledného názoru poukazujú na svedectvo niektorých apokryfných evanjelií. Všetky, snáď s výnimkou jadra Tomášovho evanjelia, sú napísané neskôr ako kánonické evanjeliá a nemajú historický charakter, ale sú skôr nástrojom na odovzdávanie gnostického učenia.
Hoci sú tieto spisy nazvané evanjeliami, v skutočnosti nimi nie sú. Sú to spisy s tajnými zjaveniami Ježiša jeho učeníkom po zmŕtvychvstaní a podľa nich Mariam (alebo Mariamne či Mariham – meno Magdaléna sa objavuje len v malom počte kníh) je tá, ktorá najlepšie týmto zjaveniam rozumie. Preto je u Ježiša obľúbená a dostáva od neho zvláštne zjavenie. V niektorých textoch (Tomášovo evanjelium, Dialóg so Spasiteľom, Pistis Sophia, Máriino evanjelium) sa apoštoli voči nej vymedzujú, lebo je žena. Je to dôsledok negatívneho pohľadu niektorých gnostikov na ženy a na postavenie Márie Magdalény ako dôležitej učeníčky.
Niektorí však chcú v tejto opozícii vidieť odraz postoja vtedajšej oficiálnej cirkvi, ktorá bola proti duchovnej, vedúcej úlohe žien, ktorú tieto skupiny navrhovali. Nič z toho sa však nedá dokázať. Tento postoj sa dá skôr chápať ako konflikt náuk: učenie Petra a ostatných apoštolov proti učeniu, ktoré tieto gnostické skupiny vykladali v mene Mariam. V každom prípade odvolávať sa na Mariam je spôsob, ako zdôvodniť svoje gnostické uvažovanie.
V iných apokryfných evanjeliách, najmä vo Filipovom evanjeliu, je Mariam (tentoraz citovaná aj s pôvodným menom Magdaléna) gnostickým vzorom práve pre svoju ženskosť. Je duchovným symbolom nasledovania Krista a dokonalého zjednotenia s ním.
V tejto súvislosti sa hovorí o bozku medzi Ježišom a Máriou (ak sa tak dá tento text naozaj chápať) ako o symbole tohto spojenia, keďže prostredníctvom bozku, akejsi sviatosti nadradenej krstu a Eucharistii, gnostik splodil sám seba ako gnostika.
Tón týchto spisov je bez akýchkoľvek sexuálnych narážok. Preto žiadny seriózny bádateľ nechápe tieto texty ako historické svedectvo o sexuálnom vzťahu medzi Ježišom a Máriou Magdalénou.
Je poľutovaniahodné, že toto obvinenie, ktoré nemá historické opodstatnenie, lebo ani vtedajší kresťania necítili nijakú potrebu s ním polemizovať, sa v súčasnosti z času na čas objaví ako veľká novinka.