Juan Luis Bernaldo föddes i Bilbao, Spanien, den 27 april 1944. Han gick på gymnasiet i den då nya skolan Colegio Gaztelueta, där han fick sin första kontakt med Opus Dei. Han började på civilingenjörsutbildningen men ändrade sedan sin yrkesbana för att studera spansk språk- och litteraturvetenskap. Under årens lopp skulle han lära sig tala flytande engelska, tyska, franska och svenska. Efter sina civila studier läste han senare filosofi och teologi i Rom. Han prästvigdes för Opus Dei i Madrid 1973 och tillbringade ett år i Frankrike. Han var i Rom 1974–75 och hade förmånen att arbeta tillsammans med den helige Josemaría, grundaren till Opus Dei, som utnämnde den unge prästen till sin vikarie i Tyskland. Dit flyttade han 1975. I Tyskland bytte han sitt förnamn till Johannes för att göra det lättare för tyskarna att uttala och det är med det namn som vi i Sverige känner honom bäst: Fader Johannes. Han uppfyllde sitt uppdrag i Tyskland med trohet och iver i nio år.
Den salige biskopen Álvaro del Portillo, som blev prelat för Opus Dei efter grundaren, bad fader Johannes om att med biskop Hubertus Brandenburgs tillstånd påbörja Opus Deis apostoliska arbete i Skandinavien med början i Sverige. Fader Johannes flyttade till Stockholm i den 3 mars 1984 och ägnade sig hängivet från den dagen åt att utveckla Opus Dei i Sverige och i övriga Norden, inklusive i Finland och de baltiska länderna. Han utförde också en rad uppdrag inom Stockholms stift, bland annat ekumeniskt arbete inom Söders kristna råd.
Han ägnade sig med hela sin kraft åt Opus Deis arbete och var alltid mycket förenad med Opus Deis prelat. Han visade en stor vördnad och kärlek för påven och stiftsbiskopen och såg till att Opus Dei alltid arbetade i linje med biskopens anvisningar, precis som den helige Josemaría önskade sig. Påven Johannes Paulus II utnämnde honom till hedersprelat år 1993.
Fader Johannes var en klok, trogen och hängiven präst. Många lekmän och präster vände sig till honom för råd och vägledning. I enlighet med Opus Deis ideal förenade han ett barns fromhet med en teologs kunskap. Den heliga mässan var för honom den obestridliga mittpunkten i hans liv.
De sista åren präglades av en kamp mot olika former av cancer. Denna kamp började med en elakartad tumör i strupen som behandlades med strålning på Karolinska Sjukhuset. Ett knappt år därefter diagnoserades han med cancer i bukspottskörteln. Många av hans medbröder och vänner bad om ett mirakel för honom och dessa böner besvarades när han friskförklarades ännu en gång. Den sista kampen var mot prostatacancer som spred sig i skelettet och lämnade honom mycket försvagad. I december 2017 flyttade han till Pamplona för att vårdas på Navarras universitetssjukhus. Hans frånvaro från Sverige gjorde sig påtaglig för sina bröder och systrar i Opus Dei i Sverige och för de många människor som hade honom som andlig rådgivare och som saknade honom mycket.
Under sina sista år ansträngde han sig för att uppfylla sina prästerliga plikter utan att klaga eller ursäkta sig. Han tillbringade många timmar i biktstolen och firade mässan dagligen till dess han inte längre orkade på grund av sin fysiska svaghet. Med sedvanlig karaktärsstyrka omfamnade fader Johannes det kors som Herren Gud ville välsigna honom med.
Omgiven av vänner intill sista timmen samt stärkt av Kyrkans sakrament avled fader Johannes fridfullt på Navarras universitetsklinik kl. 23.30, 2 nov 2018. Prelaturens medlemmar och vänner i Sverige känner en stor tacksamhet till honom för hans trohet och styrka under alla dessa år – år som förde med sig både glädjeämnen och sorger.
Du kristna själ, bryt upp från denna värld, i Guds den allsmäktige Faderns namn, ty han har skapat dig, i Jesu Kristi, Guds Sons namn, ty han har lidit och dött för dig, i den helige Andes namn, ty han är utgjuten i dig.