Innan begravningsgudstjänsten som ägde rum på Petersplatsen inför 300,000 personer, bland vilka befann sig 200 statschefer från hela världen, lades påvens stoft i en kista av cypressträ och denna förseglades inför flera vittnens åsyn.
Vid denna rit var bland annat kardinalerna Eduardo Martínez Somalo, den romerska kyrkans camarlengo, Angelo Sodano, f.d. statssekreterare, Joseph Ratzinger, dekan för Kardinalkollegiet, Camillo Ruini, vikarie för Roms stift, Francesco Marchisano, dekan vid Peterskyrkan och ärkebiskoparna Stanislaw Dziwisz, den helige Faderns personlige sekreterare och James Harvey, prefekt för det påvliga hushållet närvarande.
Camarlengon var den som påbörjade riten vid förslutningen av kistan. Ärkebiskop Piero Marini, som är chef för de liturgiska firandena inom Vatikanen, läste därefter upp en sammanfattning av påvens liv och de närvarande signerade kopior av denna. Sedan sjöng man en antifon och en psalm, som följdes av en tyst bön. Den liturgiske ceremonimästaren och Johannes Paulus II:s sekreterare lade en slöja av vitt sidentyg över den avlidne påvens ansikte och camarlengon stänkte vigvatten över påvens kropp. Ärkebiskop Marini lade därefter några medaljer präglade under påvens ämbetstid i kistan och en förseglad tub av bly som innehåller sammanfattningen i original.
Medan kistan tillslöts bad man Psalm 41 ur Psaltaren.
Kistan fördes i procession till Petersplatsen och lades på en matta på stenläggningen framför huvudaltaret, med evangeliet uppslaget på locket. I processionen deltog medlemmar av Kardinalkollegiet och patriarkerna från Östkyrkorna, alla klädda i rött. Det var kardinal Ratzinger som presiderade mässan och 164 kardinaler concelebrerade.
Miljontals människor som kommit till Rom för att närvara vid Johannes Paulus II:s begravning, men som inte fått plats på Petersplatsen, såg ceremonin tack vare 27 storbildsskärmar som fanns uppsatta över hela staden, även på stadens fotbollsarena, Tor Vergata-universitetets område, Circus Maximus, i Lateranbasilikan och basilikorna Santa Maria Maggiore och San Paolo fuori le mura, på Piazza del Popolo, Piazza Risorgimento, Kolosseum och Via della Conciliazione, den långa avenyn som utmynnar i Petersplatsen.
Mässan avbröts vid flera tillfällen av högljudda rop om att Johannes Paulus skulle förklaras för helgon. Varje sådan uppmaning åtföljdes av långa applåder och hördes också när kardinal Ratzinger avslutade sin predikan. Det fanns också flera plakat där man kunde läsa "Santo subito" (helgon genast) och "Giovanni Paolo II il Grande" (Johannes Paulus II den Store).
Kardinal Ratzinger läste bönen efter kommunionen och sedan fortsatte överlåtelsens- och avskedsceremoni vid Johannes Paulus II:s kista. Kardinal Ruini kom därefter fram till kistan, kören började sjunga Allhelgonalitanian och kardinalvikarien avslutade Roms stifts anbefallning åt Gud med att be en bön.
Sedan kom patriarkerna och ärkebiskopar från de metropolitanska katolska orientaliska kyrkorna ”sui iuris” fram till kistan. Dessa bad framför altaret Östkyrkornas anhållan för de avlidna enligt den bysantinska liturgin. Alla de närvarande bad därpå i tystnad och slutligen stänkte kardinal Ratzinger vigvatten över kistan allt under det att kören sjöng ett responsorium.
När kistan fördes in i Peterskyrkan sjöng alla de närvarande Magnificat. Samma personer som tidigare närvarat då kroppen lades i kistan följde genom porten som bär namn av den heliga Marta med till Vatikanens krypta. Camarlengon, kardinal Eduardo Martínez Somalo, presiderade vid gravsättningen.
Cypresskistan med Johannes Paulus II:s stoft bands om med röda band, vilka var stämplade med den apostoliska kammarens, det påvliga hushållets prefekturs, påvens kontor för det liturgiska firandets och Vatikankapitlets stämplar. Cypresskistan lades i en annan kista av zink som förseglades. På den sattes också de ovannämnda stämplarna. Locket bär den avlidne påvens vapen samt ett kors och ett M för Maria.
Peterskyrkans kapitelnotarie redigerade gravläggningsdokumentet och läste upp det inför de närvarande.
I rekviemmässan för den helige Fadern deltog regenter från 10 länder, 57 statschefer, tre arvprinsar, 17 regeringschefer, 3 chefer för internationella organisationer och representanter från ytterligare 10, tre hustrur till statschefer, 8 vicepresidenter, 6 vice premiärministrar, 4 parlamentschefer, 12 utrikesministrar, 13 ministrar och ambassadörer för 24 länder.
De inbjudna representanterna för olika trosriktningar var 140 till antalet. Bland dem befann sig representanter för de ortodoxa kyrkorna, för de ortodoxa östkyrkorna, för de västliga kyrkorna och samfund, för internationella kristna organisationer, för de evangeliska kyrkorna, för judendomen, för islam och även delegationer för icke kristna religioner.