Zakladateľ Opus Dei bol vysvätený za kňaza 28. marca 1925. O svoju radosť sa podelil so svojou matkou, sestrou Carmen a s vtedy šesťročným bratom Santiagom. Oslavu tejto udalosti však maril smútok za donom Josém Escrivom, ktorý 27. novembra 1924 náhle zomrel, zanechajúc svojim deťom spomienky na príkladného otca rodiny. Prvé kňazské poverenie dostal do dediny Perdiguera, kde mal istý čas zastupovať kňaza farnosti.
Ocitol sa v ťažkej situácii, pretože kňaz zodpovedný za farnosť opustil svoje miesto za celkom nejasných okolností, hoci podľa oficiálnej verzie išlo o zdravotné dôvody. Zrejme na tom bolo niečo pravdy, lebo tento kňaz o mesiac zomrel.
Otec nešetril svojím kňazským zápalom v tejto dedinke s osemsto obyvateľmi. V takých malých komunitách bolo vtedy normálne, že kňazovi po splnení si svojich pastoračných úloh zostávalo veľa voľného času. Stretával sa preto s miestnymi činiteľmi – starostom, lekárom, lekárnikom, radničným sekretárom,... –, aby si spolu zahrali karty. Don Josemaría však v tejto tradícii nepokračoval. Musel myslieť na mnohé iné veci. Okrem svojich kňazských povinností a starostí o napredovanie v duchovnom živote sa musel starať aj o svoju ovdovenú matku a dvoch súrodencov a dokončiť právnické štúdiá. Predovšetkým však jasne cítil, že Pán od neho niečo žiada, aj keď ho naďalej necháva v temnote. Vždy tvrdil, že nikdy si nemohol dovoliť luxus nudiť sa, nemal na to jednoducho čas. Až do poslednej chvíle svojho života opakoval, že sa nikdy nenudil.
A tak v Perdiguere namiesto toho, aby trávil čas s miestnymi predstaviteľmi, venoval sa katechézam pre deti a dospelých v skupinách, ale keď to niektorí potrebovali, tak aj súkromne. Za necelé dva mesiace stihol navštíviť všetky rodiny v dedine, dom po dome, pričom v nich znova zapaľoval lásku k Bohu. Pri týchto návštevách sa vždy pridŕžal zásady nenavštevovať domy rodín vtedy, keď muži práve neboli doma a pracovali na poli.
Čas, keď ľudia v dedine oddychovali a nebolo možné vykonávať žiadnu pastoračnú činnosť, náš otec využíval na dlhé prechádzky po okolí, aby sa modlil a tiež aby „krotil“ svoje telo umŕtvovaním.
Všetkých ubezpečil, že je im kedykoľvek k dispozícii a že ho môžu zavolať v ktorúkoľvek hodinu z akejkoľvek príčiny.
Toto jeho správanie bolo pre niektorých dôvodom na kritiku. Prezývka, ktorú dostal v Zaragoze, prenikla až do Perdiguery, a preto, ako aj pre jeho kňazské správanie ho niektorí kolegovia z okolitých dedín začali nazývať „mystikom“.
Otec proti týmto ohováračom nevyslovil nikdy ani len slovíčko protestu alebo odporu. Samozrejme, že ho takéto žarty napĺňali zármutkom, ani nie tak kvôli svojej vlastnej osobe, ale skôr kvôli nedostatku úcty ku kňazovi.