Rodičia ho naučili vážiť si kňazstvo, ale kým nezbadal tie stopy v snehu, nikdy mu nenapadlo, že sa stane kňazom. V škole dokonca spočiatku pociťoval akýsi druh averzie voči latinčine, ktorú vyjadril slovami: „Latinčina je pre kňazov!“ Neskôr, keď sa s týmto predmetom lepšie oboznámil, bol latinčinou úplne nadšený a cítil potrebu vynahradiť nedostatok záujmu, ktorý voči nej v prvých rokoch pociťoval. Neskôr označil svoje predošlé správanie za hlúpe a s uznaním konštatoval: Nikdy nebudem môcť dostatočne poďakovať za dobro, ktoré mi preukázali na strednej škole tým, že ma nútili učiť sa latinčinu. Spomínam si, ako sme si museli písať do zošitov skloňovanie a časovanie pravidelných i nepravidelných slovies. Okrem toho sme si museli pamätať dlhé a krátke prízvuky. Vďaka tomu mi nikdy nenapadlo povedať napríklad slovo legérem namiesto légerem.
Jeho príchod do seminára nebol vôbec ľahký. Väčšina jeho spolužiakov v seminári v Zaragoze pochádzala z vidieckeho prostredia a takmer nepoznala základné hygienické návyky ani základy spoločenského správania, čomu sa Josemaría naučil ešte u rodičov. Otec sa niky necítil byť vzorom ani vo vzdelaní, ani v správaní, ba naopak, veľmi sa usiloval o to, aby bol medzi svojimi spolužiakmi – o ktorých sa vyjadroval ako o vynikajúcich mladých mužoch – nenápadný. Ale nebolo to vždy možné. Raz som ho počul rozprávať, že na izbách neboli umývadlá a na to, aby som sa mohol umyť od hlavy až po päty, musel som doniesť tri až štyri vedrá vody; možno práve to niektorých pohoršovalo.
Keď si otec neskôr spomínal na svoje roky v seminári, vždy hovoril len o cnostiach a veľkých túžbach svojich spolubratov slúžiť Cirkvi. Ale trpel, keď si ostatní, napriek jeho snahe zostať nepovšimnutý, začali všímať jeho úsilie napredovať v duchovnom živote. Veľmi dbal o to, aby sa od ostatných neodlišoval, pretože už od detstva sa mu priečila akákoľvek nápadnosť a výstrednosť. Zároveň nám však hovoril: nebojte sa, keď si ostatní všimnú vaše úsilie o nábožnosť.
V kaplnke seminára San Carlos v Zaragoze trávil dlhé hodiny pohrúžený do modlitby, podobne ako to robil aj v kostole Rotunda v Logroño. Opäť sa usiloval nevzbudzovať pozornosť ostatných, ale tieto dlhé návštevy nemohli zostať nepovšimnuté. Niektorí z jeho kolegov začali nahlas, tak aby to počul, hovoriť: „Tamto ide snár!“
V Biblii (Gn 37, 19) takto volali bratia na Jozefa, ktorého potom predali obchodníkom do Egypta. Tieto ironické poznámky si vôbec nevšímal, ba usiloval sa skôr o to, aby aj jeho spolubratia venovali viac času modlitbe.
Ale ani jeho denné návštevy baziliky del Pilar, aby si uctil svoju matku, ako hovorieval, nemohli zostať dlho utajené. Čoskoro ho niektorí seminaristi, keď si ho chceli doberať, začali nazývať ruža duchovná. Pre túto prezývku veľmi trpel predovšetkým preto, že aj keď neúmyselne, vyjadrovala neúctu voči preblahoslavenej Panne. Na druhej strane ho zarmucovalo, že si priatelia robia žarty z jeho správania, ktoré by mali pokladať za úplne prirodzené a logické nielen u toho, kto sa pripravuje na prijatie kňazstva, ale u každého kresťana.