Opus Deis prelat utnämns av påven efter att en person valts enligt den procedur som prelaturens stadgar fastställer: de förutsätter att prelaturens medlemmar uttalar sig om vilken präst som bäst lämpar sig för detta.
Efteråt kan påven kalla prelaten att ta emot biskopsvigningen, vilket i och för sig inte är nödvändigt, men ändå stämmer väl överens med hans hierarkiska uppdrag som herde. Detta har skett med de två första prelaterna, Msgr. Álvaro del Portillo och Msgr. Javier Echevarría.