Z evangelií je zřejmé, že Marie Magdalská měla Ježíše velmi ráda. Vysvobodil ji od sedmi zlých duchů, následovala ho jako apoštolka, pomáhala mu svým majetkem (Lk 8,2-3) a byla s Marií, Ježíšovou Matkou a dalšími ženami, když byl Ježíš ukřižován (Mk 15,40-41 a odst.). Podle evangelistů byla první, které se po zmrtvýchvstání zjevil Ježíš, když ho s pláčem hledala (Jan 20,11-18). Odtud pochází úcta, kterou v církvi měla jako svědek vzkříšení. (Viz otázka Kdo to byla Marie Magdalská?) Z těchto textů se nedá odvodit, že to byla hříšnice, a ještě méně, že by to byla Ježíšova žena.
Zastánci posledně vyjádřených názorů poukazují na svědectví některých apokryfních evangelií. Všechny, snad s výjimkou hlavní části Tomášova evangelia, jsou novější než kanonická evangelia a nemají historický ráz, nýbrž jsou nástrojem k předávání gnostického učení.
V dalších apokryfních evangeliích, zvláště ve Filipově evangeliu, je Mariam (v tomto případě je také citována původním jménem Magdalena) gnostickým vzorem, právě pro své ženství. Je duchovním symbolem následování Krista a dokonalého spojení s ním.
Ačkoliv jsou tyto spisy nazvány podle evangelií, popravdě jimi nejsou, jsou to spisy s tajnými zjeveními Ježíše svým učedníkům po zmrtvýchvstání a dle nich je Mariam (nebo Mariamne či Mariham - jméno Magdalena se objevuje jen v několika málo knihách) ta, která nejlépe těmto zjevením rozumí. Proto jí Ježíš dává přednost a dostává se jí od něho zvláštní zjevení. V některých textech (Tomášovo evangelium, Dialog se Spasitelem, Pistis Sophía, Mariino evangelium) se apoštolové proti ní vymezují, protože je to žena, jako důsledek negativního pohledu některých gnostiků na ženství a na postavení Marie jako významné učednice.
Někteří však chtějí v této opozici vidět odraz tehdejšího postoje oficiální církve, která by se tak stavěla proti duchovní, vedoucí úloze žen, jež tyto skupiny navrhovaly. Nic z toho se nedá dokázat. Tento postoj se dá spíše chápat jako střet nauk: učení Petra a ostatních apoštolů proti učení, které tyto gnostické skupiny ve jménu Mariam vykládaly. V každém případě odvolávat se na Mariam je způsob, jak zdůvodnit své gnostické uvažovaní.
V tomto kontextu se mluví o polibku mezi Ježíšem a Marií (dá-li se tak tento text takto opravdu chápat) jako symbol tohoto spojení, neboť prostřednictvím polibku, jakési svátosti nadřazené křtu a eucharistii, se gnostik sám zrodil jako gnostik.
Tón těchto spisů je prost jakýchkoliv sexuálních narážek. Proto žádný seriózní badatel nechápe tyto texty jako historické svědectví o sexuálním vztahu mezi Ježíšem a Marií Magdalskou.
Je politováníhodné, že toto obvinění, které nemá žádné historické opodstatnění, neboť ani tehdejší křesťané necítili nijakou nutnost s ním polemizovat, se čas od času objeví jako velká novinka.