Jelikož se nedá dokázat, že kanonická evangelia jsou inspirovaná Bohem, první prokazatelný rozdíl je mimo samotná evangelia: kanonické knihy patří do biblického kánonu; apokryfy tam nepatří. Tím se chce říci, že církve západu i východu považovaly kanonické knihy za autentickou apoštolskou tradici už od generace následující hned za těmito apoštoly. Přitom apokryfy se v univerzální církvi neprosadily a nebyly jí uznány, i když některé z nich se v některých komunitách sporadicky používaly.
Jedním z důležitých důvodů tohoto výběru, který historická věda umí doložit, je to, že kanonické knihy byly napsány v době apoštolů, tedy v širším smyslu ještě za jejich života nebo za života jejich učedníků.
Je to zřejmé z citací křesťanských spisovatelů následující generace a ze skutečnosti, že kolem roku 140 byla sestavena harmonie evangelií (Diatessaron, syntéza, kompilace), která čerpala údaje ze čtyř evangelií, jež se později stala kanonickými (Taciano). Na apokryfy se naopak odkazuje až v pozdější době, koncem II. století. Na druhé straně nalezené papyrusy, jejichž text se podobá evangelijním textům, některé z nich už z poloviny II. století, jsou značně útržkovité, fragmentární. Znamená to, že skutečnosti, které ztvárňovaly, neměly takovou váhu, aby si je další generace předávaly.
Ohledně zachovaných nebo nedávno objevených apokryfů je třeba říci, že v porovnání s kanonickými evangelii existují značné rozdíly jak co do formy, tak i do obsahu.
Apokryfy, které se zachovaly z patristické doby a ze středověku, jsou legendární vyprávění opředené fantaziemi. Chtějí vyhovět lidové zbožnosti tím, že podrobně líčí to, o čem kanonická evangelia nic neříkají nebo se vyjadřují jen velmi stručně. Obecně jsou v souladu s naukou církve a předkládají příběhy o narození Panny Marie svatému Jáchymovi a svaté Anně (Narození Marie), o tom jak porodní bába potvrdila panenství Marie (protoevangelium Jakubovo), o zázracích, které Ježíš konal jako dítě (Tomášovo evangelium dětství) atd.
Diametrálně odlišná jsou apokryfní evangelia pocházející z Nag Hammadi (Egypt), která mají gnostický, heretický charakter. Mají podobu tajných Ježíšových výroků (koptské Tomášovo evangelium) nebo zjevení zmrtvýchvstalého Pána, které vysvětlují vznik hmotného světa (Janův apokryf), nanebevstoupení duše (Mariino [Magdalénino] evangelium), nebo jsou těžkopádnou sbírkou myšlenek posbíraných z případných homilií či katechezí (Filipovo evangelium). Ačkoliv některá z nich mohou být dosti stará, snad až z II. století, rozdílnost vůči kanonickým evangeliím bije do očí.