Opus Dei prijíma veľa pozitívnych reakcií zvnútra i zvonka Katolíckej cirkvi. Stále je to však relatívne nová inštitúcia a ako iné nové organizácie, Opus Dei je tiež občas nepochopené. Dôvodom tejto kritiky býva veľká vernosť pápežovi, biskupom a katolíckej viere. Inokedy je zdrojom nedorozumenia, naozajstného alebo len domnelého, nepochopenie základných charakteristík Opus Dei, ako sú: skutočnosť, že vo svojich spoločenských, rodinných, ekonomických a profesionálnych otázkach jednajú členovia podľa svojho osobného presvedčenia s úplnou slobodou a osobnou zodpovednosťou; rozdiel medzi tajomstvom a súkromím, čo sú dve úplne odlišné veci; svetské a laické podmienky členov (na rozdiel od kanonického stavu zasväteného života a jeho aspektov). Ten, kto sa vyzná v histórii, sa nebude čudovať, keď objaví dohady ohľadom novej inštitúcie v Cirkvi. Ježiš Kristus často nabádal svojich učeníkov, aby boli na takú kritiku pripravení.