Powracający z Rzymu do kraju w czerwcu 1957 r. Prymas Polski był gościem patriarchy Wenecji, kardynała Angelo Giuseppe Roncallego – późniejszego papieża Jan XXIII. Spotkanie dało impuls wielkiej przyjaźni. Tak kardynał Wyszyński wspominał to wydarzenie: „Jesteśmy w drodze powrotnej do Polski. W Wenecji zabrał nas z dworca patriarcha, kardynał Roncalli (…). Wydobył nas formalnie z wagonu i osobiście pokazywał najbardziej wartościowe pamiątki i zabytki miasta”.
List do biskupów niemieckich
18 stycznia 1965 r. polscy biskupi skierowali przesłanie do biskupów niemieckich. Napisali w nim między innymi: „Niechaj wolno nam będzie, czcigodni Bracia, zanim Sobór dobiegnie końca, zwiastować Wam, naszym najbliższym zachodnim sąsiadom, radosną wieść, że w przyszłym roku – w roku Pańskim 1966 – Kościół Chrystusowy w Polsce, a wraz z nim cały Naród polski, obchodzić będzie Milenium swego chrztu, a jednocześnie święto tysiąclecia swego narodowego i państwowego istnienia. Niniejszym zapraszamy Was w sposób braterski, ale też równocześnie uroczysty, abyście wzięli udział w kościelnych uroczystościach polskiego Tysiąclecia; punkt szczytowy polskiego Tysiąclecia Te Deum Laudamus ma odbyć się z początkiem maja 1966 roku na Jasnej Górze, przed Obliczem Matki Boskiej, Królowej Polski. (…) W tym ogólno-chrześcijańskim, a zarazem bardzo humanitarnym duchu wyciągamy do Was nasze dłonie z ław kończącego się Soboru, udzielamy przebaczenia i prosimy o przebaczenie. A jeśli wy – biskupi niemieccy i ojcowie soborowi – ujmiecie po bratersku nasze wyciągnięte dłonie, wówczas dopiero będziemy mogli ze spokojnym sumieniem obchodzić w Polsce nasze Milenium w sposób całkowicie chrześcijański”.
Tysiąclecie Chrztu Polski
Prymas przewodniczył obchodom milenijnym w 1966 r., przemierzając wraz z całym Episkopatem „Szlak Tysiąclecia” w uroczystym dziękczynieniu. W miejscach obchodów głosił słowo Boże. Tymczasem prześladowanie Kościoła nie ustawało, wręcz przeciwnie, władze ostro atakowały prymasa za podejmowane inicjatywy integrujące naród. Z tego samego powodu nie zgodziły się też na przyjazd papieża Pawła VI na Jasną Górę. Punktem kulminacyjnym uroczystości milenijnych była celebracja uroczystości Matki Bożej Królowej Polski. W tym dniu prymas, wraz z całym Episkopatem, wobec kilkusettysięcznej rzeszy wiernych zebranej u stóp Jasnej Góry, dokonał Aktu całkowitego Oddania Polski w niewolę Matce Chrystusowej za wolność Kościoła w Ojczyźnie i w świecie. Przed dokonaniem zawierzenia, prymas mówił: „Stoimy przed aktem doniosłym, historycznym, na nowe Tysiąclecie wiary. I oto jak ongiś na Kalwarii, na progu nowej ery ludzkości porządku nadprzyrodzonego, Chrystus patrzący z krzyża powiedział do Maryi: «Oto syn Twój» – tak dziś, na progu nowego Tysiąclecia, my wszyscy tu obecni, biskupi, kapłani i lud Boży zwracamy się do Matki Boga i naszej, do Matki Kościoła i Królowej Polski. Powodowani jesteśmy głębokim, doświadczonym przez wieki zaufaniem, że nas nigdy nie opuścisz”. We wspomnianym akcie oddania czytamy m.in.: „Królowo Polski i Pani nasza Jasnogórska (…), oddajemy się dziś ufnym sercem w Twą wieczystą, macierzyńską niewolę miłości, wszystkie dzieci ochrzczonego narodu i wszystko, co Polskę stanowi za wolność Kościoła w świecie i w Ojczyźnie naszej, ku rozszerzaniu się Królestwa Chrystusowego na ziemi. Czyń z nami co chcesz! Pragniemy wykonać wszystko, czego zażądasz, byleby tylko Polska po wszystkie wieki zachowała nieskażony skarb wiary świętej, a Kościół w ojczyźnie naszej cieszył się należną mu wolnością, bylebyśmy z Tobą i przez Ciebie, Matko Kościoła i Dziewico Wspomożycielko stawali się prawdziwą pomocą Kościoła powszechnego, ku budowaniu Ciała Chrystusowego na ziemi”.
Eskalacja napięcia
Władze państwowe nie dały kard. Wyszyńskiemu pozwolenia na wyjazd do Rzymu na synodalne spotkanie biskupów w 1967 r. W geście solidarności oraz na znak protestu z wyjazdu zrezygnował kardynał Karol Wojtyła, a także pozostali członkowie delegacji. Wobec narastających konfliktów społecznych prymas zdecydowanie występował w obronie podstawowych praw społeczeństwa. W odpowiedzi na akty agresji władz w roku 1968, wołał: „Nie wolno bić! Chrześcijanin nigdy na nikogo ręki nie podnosi, bo w każdym widzi godność dziecięcia Bożego. Ugodzony może wydawać się sponiewieranym. Ale bardziej poniewiera się ten, który uderza, niż ten, który jest uderzany. Najmilsi, przezwyciężajcie nienawiść miłością”.
Po tragicznych wypadkach na Wybrzeżu w grudniu 1970 r. prymas wypowiedział poruszające słowa: „Wasz ból jest naszym wspólnym bólem. Gdybym mógł w poczuciu sprawiedliwości i ładu, wziąć na siebie całą odpowiedzialność za to, co się ostatnio stało w Polsce, wziąłbym jak najchętniej. Bo w narodzie musi być ofiara odkupiająca winy narodu. Jakżebym chciał w tej chwili – gdyby ta ofiara przyjęta była – osłonić wszystkich przed bólem, przed męką”.
Ufność, modlitwa, dary łaski
Wypełniając milenijne zobowiązania, w poczuciu współodpowiedzialności za Kościół, 5 września 1971 r. prymas Wyszyński dokonał na Jasnej Górze wraz ze wszystkimi polskimi biskupami Aktu oddania Maryi, Matce Kościoła całej rodziny ludzkiej. W październiku tego samego roku przyjechał do Rzym, aby wraz z dwutysięczną rzeszą polskich pielgrzymów uczestniczyć w Bazylice Świętego Piotra w uroczystościach beatyfikacyjnych ojca Maksymiliana Kolbego. Była to pierwsza po wojnie tak liczna pielgrzymka z Polski do Stolicy Świętej. Do Rzymu przybyła też Polonia z całego świata. Ojciec Święty Paweł VI zaprosił polskich pielgrzymów po beatyfikacji do Ogrodów Watykańskich, gdzie przyjął ich na audiencji. Do prymasa Polski powiedział: „Polacy sprawili mi wielką radość przez swoje rozmodlenie”.
8 czerwca w Krakowie, w czasie Konferencji Plenarnej Episkopatu, prymas Wyszyński ogłosił historyczne decyzje: „Z upoważnienia Stolicy Świętej wydałem odpowiednie dekrety i zarządzenia, wprowadzając nowych biskupów w ich dziedziny i do starych piastowskich katedr. Ojciec Święty ustanowił cztery nowe diecezje polskie, a mianowicie: w Opolu, Gorzowie, Szczecinie – Kamieniu, Koszalinie – Kołobrzegu”.
W 1976 r. prymas ogłosił program przygotowań do jubileuszu 600-lecia Jasnej Góry: „Sześć lat wdzięczności za sześć wieków obecności”.
26 sierpnia 1978 r. wziął udział w konklawe, które wybrało na papieża Jana Pawła I.
Od 21 do 25 września 1978 r. podróżował po Niemczech, starając się być znakiem chrześcijańskiego przebaczenia, jedności i pokoju. W Fuldzie delegacja polska spotkała się z niemiecką Konferencją Episkopatu. „Europa musi dostrzec ponownie, że jest nowym Betlejem – dla świata, dla ludów i narodów – z którego wywodzi się Król i Książę Pokoju, jedyny dotychczas Zbawca rodziny ludzkiej” – mówił Prymas Polski.