Urodził się 3 sierpnia 1901 r. w miejscowości Zuzela nad Bugiem na pograniczu Podlasia i Mazowsza, jako drugie dziecko w wielodzietnej rodzinie Stanisława i Julianny Wyszyńskich. Tak o tym opowiadał: „Pamiętam do dziś ludzi prostych, których obserwowałem jako chłopiec. Zdumiewająca była ich spokojna, ufna wiara. Tego nie można nazwać żadną miarą niewiedzą religijną, bo z tym się łączy patrzenie w głąb, niemal jakieś mistyczne obcowanie. Ci ludzie widzą to, w co wierzą”.
Dziewięć lat później rodzina Wyszyńskich przeprowadziła się na północ, do odległego o 16 km Andrzejewa. Tam, na miejscowym cmentarzu, spoczęły siostra Stefana i jego matka, która zmarła 31 października 1910 r., mając zaledwie 33 lata, po urodzeniu kolejnego dziecka.
„Miałem 9 lat, kiedy moja matka umierała – wspominał już jako prymas, 21 czerwca 1971 r. – ponieważ chorowała długo, byłem przyzwyczajony do biegania po lekarstwa do apteki. W pewnym momencie moja matka powiedziała tak: «Stefan, ubieraj się!». Była jesień, więc poszedłem po płaszcz. Wróciłem i stanąłem gotowy do wykonania poleceń. Wtedy matka spojrzała na mnie i powiedziała: «Ubieraj się, ale nie tak». Spojrzałem na ojca, bo nie zrozumiałem o co chodzi. A ojciec mi powiedział: «Wytłumaczę ci później, czego matka oczekuje». W kilka godzin później już nie żyła. Później zrozumiałem, co to znaczy ubierać się nie w ubranie, tylko w coś znacznie głębszego”.
Bez wątpienia tak rodziło się powołanie dorastającego chłopca.