Mons. Javier Echevarría se narodil v Madridu 14. června 1932. Byl nejmladší z osmi sourozenců. Základní školu vychodil v San Sebastián u otců Marianistů. Ve studiu pokračoval v Madridu na škole kongregace maristů.
V roce 1948 se ve studentském centru seznámil s několika mladými lidmi z Opus Dei. 8. září téhož roku, potom co pocítil Boží povolání hledat svatost v obyčejném životě, požádal o přijetí do Opus Dei.
Začal studovat právo na univerzitě v Madridu a následně ve studiu pokračoval v Římě. Získal doktorát z kanonického práva na Papežské univerzitě svatého Tomáše (1953) a na Papežské Lateránské univerzitě z občanského práva (1955).
Na kněze byl vysvěcen 7. srpna 1955. Úzce spolupracoval se svatým Josemaríou Escrivou de Balaguer. Byl jeho sekretářem od roku 1953 až do jeho smrti v roce 1975.
Když Álvaro del Portillo v roce 1975 vystřídal svatého Josemaríu, Mons. Javier Echevarría byl jmenován generálním sekretářem Opus Dei a v roce 1982 generálním vikářem.
Po úmrtí blahoslaveného Álvara v roce 1994 byl zvolen prelátem Opus Dei a 6. ledna 1995 přijal v Bazilice svatého Petra z rukou svatého Jana Pavla II. biskupské svěcení.
Od začátku své služby preláta patřila k jeho prioritám evangelizace rodin, mladých lidí a evangelizace v prostředí kultury. Inicioval formační aktivity prelatury v 16 zemích, mezi jiným v Rusku, Kazachstánu, Jihoafrické republice, Indonésii a Srí Lance. Navštívil pět kontinentů, kde podpořil zahájení evangelizační práce věřících a spolupracovníků Opus Dei. Uvedl do chodu mnoho iniciativ ve prospěch imigrantů, nemocných a marginalizovaných. Jeho zvláštní pozornosti se těšilo několik center paliativní léčby nevyléčitelně nemocných.
Při katechetických cestách a pastorační činnosti bylo jeho opakujícím se tématem láska k Ježíši Kristu na kříži, bratrská láska, služba druhým, důležitost milosti a slova Božího, rodinný život a jednota s papežem. V jeho posledním pastoračním dopisu poděkoval mimo jiné za audienci, kterou mu udělil 7. listopadu papež František, a jako vždy prosil, abychom papeže doprovázeli v modlitbách za jeho osobu a úmysly.
Napsal mnoho pastoračních dopisů a několik duchovních knih, například Itinerarios de vida cristiana (Cesty křesťanského života), Para servir a la Iglesia (Sloužit církvi), Getsemaní (Getsemánie), Eucaristía y vida cristiana (Eucharistie a život křesťana), Vivir la Santa Misa (Žít svatou mši) a Creo, creemos (Věřím, věříme). Jeho posledním dílem je kolekce meditací o dílech milosrdenství s názvem Misericordia y vida cotidiana (Milosrdenství a obyčejný život).
Byl členem Kongregace pro svatořečení a Apoštolské signatury. Účastnil se biskupských synod v letech 2001, 2005 a 2012 a synod věnovaných Americe (1997) a Evropě (1999).
Zemřel v Římě 12. prosince 2016 na respirační selhání.