Archiwum Opus Dei zaczęło powstawać w latach 1953-1956, kiedy Asesoria Centralna i Rada Generalna Opus Dei przeniosły się do Rzymu. Organy te przyniosły ze sobą dokumentację z poprzednich lat, która znajdowała się w Madrycie. W Rzymie materiał ten był przechowywany w stanie niezorganizowanym, wraz z nową dokumentacją, która powstawała od tamtych lat. Po śmierci założyciela, przy okazji prac nad jego kanonizacją, podjęto wysiłek zlokalizowania wszystkich jego pism i dokumentów.
Po kilku latach badań, w 2010 r. opracowano schemat klasyfikacji i rozpoczęto katalogowanie dokumentacji. W tym samym czasie rozpoczęto prace nad przebudową pomieszczeń przy Viale Bruno Buozzi 48, które miały stać się siedzibą archiwum.
Kilka lat później, wraz z postępem prac, ksiądz prałat Fernando Ocáriz oficjalnie ustanowił Archiwum Generalne Prałatury Opus Dei (AGP) dekretem z dnia 6 grudnia 2017 roku. Jednocześnie mianował dyrektora archiwum, którym obecnie jest ksiądz i historyk Francesc Castells.
Zgodnie z dekretem erekcyjnym, od momentu jego otwarcia „wgląd do dokumentów o znaczeniu historycznym będzie możliwy dla badaczy, z wymaganiami i warunkami do ustalenia”. Zgodnie ze standardową praktyką w tego typu instytucjach, wymagania i warunki to posiadanie stopnia naukowego doktora lub równorzędnego oraz prowadzenie badań o charakterze naukowym.
Obecnie archiwum historyczne znajduje się na zaawansowanym etapie organizacji i klasyfikacji, aby umożliwić odpowiednie przechowywanie i udostępnianie dokumentów. Zgodnie z planem i tempem wyżej wymienionych prac, celem jest otwarcie archiwum z okazji stulecia Opus Dei, w latach 2028-2030. Do tego czasu archiwum pozostanie zamknięte. Dostęp dla niektórych badaczy z samego archiwum i z Instytutu Historycznego Świętego Josemarii będzie możliwy na zasadzie ad hoc, zgodnie z zainteresowaniami, które mogą pojawić się w kwestiach historycznych, które dotyczą Opus Dei i wymagają wyjaśnienia na podstawie dokumentów.
Archiwa, których początki sięgają 1928 roku, a nawet wcześniej, gdyż zawierają osobiste dokumenty założyciela z czasów jego dzieciństwa, składają się głównie z dokumentacji wynikającej z pracy organów zarządzających Opus Dei: prałata i jego dwóch centralnych rad - Rady Generalnej i Asesorii Centralnej. Posiada również inną dokumentację z regionalnych okręgów Opus Dei.
Oprócz postępów w katalogowaniu, personel archiwum pracuje nad określeniem dokumentacji, która zostanie udostępniona badaczom. Podobnie jak wszystkie archiwa kościelne, to podlega przepisom prawa kanonicznego. Ponadto uwzględnia się włoskie ustawodawstwo w tej dziedzinie i przepisy Unii Europejskiej dotyczące ochrony danych osobowych, które określają okres przechowywania dokumentacji, różny w zależności od jej zawartości. Na przykład dokumenty zawierające wrażliwe dane osobowe, takie jak prywatna korespondencja, muszą czekać szczególnie długo: 70 lat. Szczególnie interesująca jest również dokumentacja dotycząca spraw związanych z papieżami, która jest zgodna z normą Watykańskiego Archiwum Apostolskiego, która umożliwia dostęp do dokumentów według pontyfikatu, około 70 lat po śmierci papieża: obecnie do pontyfikatu Piusa XII (1939-1958).
Pragnieniem Archiwum Generalnego Prałatury jest, aby wraz z jego otwarciem wielu badaczy mogło poznać historię tej instytucji Kościoła i kontekst jej powstania.