Din 23 de enero de 2017, prelatul Opus Dei este Mons. Fernando Ocáriz.
Vicarul auxiliar este Mons. Mariano Fazio. Vicarul general este pr. dr. Javier del Castillo și vicarul secretar este pr. dr. José Andrés Carvajal.
Curia prelaturii are sediul central pe Viale Bruno Buozzi 73, 00197 Roma, ITALIA.
Prelatura Opus Dei este condusă pe baza normelor de drept canonic general al Bisericii, constituţiei apostolice Ut sit şi statutelor proprii sau Codului Canonic particular al Opus Dei. Codul de Drept Canonic din 1983 descrie normele fundamentale pentru organizarea prelaturilor personale (canoanele 294-297), modificate prin Motu propio Le Prelature personali din 3 august 2023.
Preoţii Prelaturii depind în totalitate de prelat, care le stabileşte responsabilităţile pastorale iar aceştia le îndeplinesc în uniune strânsă cu activităţile pastorale diecezane. Prelatura îşi asumă responsabilitatea pentru întreţinerea financiară a preoţilor săi.
Credincioşii laici depind de prelat în tot ceea ce priveşte misiunea specifică a Prelaturii. Ei se supun autorităţilor civile la fel ca ceilalţi cetăţeni, şi celorlalte autorităţi bisericeşti la fel ca ceilalţi laici catolici.
În Opus Dei, Prelatul guvernează cu ajutorul vicarului auxiliar, al vicarului general și al vicarului secretar central. În plus, el este asistat de un consiliu al femeilor, Consfătuirea Centrală, şi de unul de bărbaţi, Consiliul General, amândouă cu sediul la Roma.
Membrii Consiliului general sunt Josemaría Sánchez Blanco, Marcelo Valenga, Andrew Joseph Laird, Ángel José Gómez Montoro și José Chávez Hernández.
Consfătuirea centrală este formată din María Julia Prats Moreno, María Díaz Soloaga, Nicola Waite, Fernanda Zaidan Lopes, Teddy Nalubega, Kathryn Plazek, Ana Casero Palmero și Florencia Carloni.
De asemenea, delegații regionali din diferitele circumscripții în care este împărțită geografic activitatea apostolică a Prelaturii, care acoperă mai mult de 60 de națiuni, fac parte din plenul acestor consilii.
În plus față de numele de mai sus, prefectul pentru formarea spirituală (Pau Agulles) și procuratorul pe lângă Sfântul Scaun (Paul O'Callaghan) colaborează, de asemenea, cu organismele centrale de guvernare.
Prefectul pentru formarea spirituală îl ajută pe Prelat în orientarea spirituală a credincioșilor și în chestiuni de doctrină și liturgie. Printre îndatoririle sale se numără însoțirea membrilor Societății Preoțești a Sfintei Cruci, o asociație de clerici intrinsec unită cu prelatura Opus Dei. La rândul său, procuratorul se ocupă mai direct de relațiile Prelaturii cu Sfântul Scaun.
Conducerea Prelaturii este colegială: prelatul şi vicarii săi îşi îndeplinesc sarcinile în colaborare cu consiliile respective, formate în majoritate din laici.
Congresele generale ale Prelaturii au loc de obicei la fiecare opt ani. La aceste congrese participă membri din ţările în care este prezent Opus Dei. La aceste congrese este examinată activitatea apostolică a Prelaturii şi se prezintă prelatului liniile directoare pentru activităţile pastorale viitoare. Cu ocazia acestor congrese prelatul îşi reînnoieşte consiliile.
Prelatura este împărţită în zone sau teritorii, numite regiuni. În fruntea fiecărei regiuni (al cărei teritoriu poate sau nu să coincidă cu o ţară) există un vicar regional cu două consilii: Consiliul Regional pentru femei şi Comisia Regională pentru bărbaţi. Anumite regiuni sunt împărţite la rândul lor în delegaţii, cu un teritoriu mai redus, conduse de un vicar al Delegaţ
Nici o funcţie de conducere, în afară de cea a prelatului, nu este pe viaţă.
La nivel local se afla centrele Opus Dei, care se ocupă cu formarea şi asistenţa pastorală a credincioşilor Prelaturii din teritoriul respectiv.
Centrele sunt de femei sau de bărbaţi. Fiecare centru are un consiliu local, prezidat de un laic (directorul sau directoarea centrului) şi de încă cel puţin doi credincioşi ai Prelaturii. Pentru asistenţa preoţească a credincioşilor fiecărui centru, prelatul desemnează un preot din prezbiteriul său.
Toţi credincioşii Prelaturii îşi asigură existenţa lor şi a familiilor lor din munca profesională obişnuită. Pe lângă asigurarea existenţei proprii, membrii şi colaboratorii Opus Dei îşi asumă răspunderea cheltuielilor specifice legate de îndeplinirea activităţilor pastorale ale Prelaturii.
Acestea sunt reprezentate în esenţă de întreţinerea şi formarea preoţilor Prelaturii, cheltuielile Curiei Prelaturii şi cele legate de sediul acesteia, precum şi de conducerile regionale sau delegaţii şi de operele de binefacere ale Prelaturii. Evident, credincioşii din Opus Dei ajută şi bisericile, parohiile, etc.