El prelat és l'ordinari propi de la prelatura. El govern de la prelatura de l'Opus Dei és col·legial: el prelat i els seus vicaris ocupen sempre els seus càrrecs amb la cooperació de dos consells, formats majoritàriament per laics: l'assessoria central, per part de les dones, i un altre d'homes, el consell general.

Els congressos generals de la prelatura se celebren ordinàriament cada vuit anys. En aquests congressos, amb representants procedents de totes les regions en què es divideix la prelatura, s'estudia la tasca apostòlica realitzada per la prelatura en el període precedent i es proposen al prelat les línies per la futura activitat pastoral. Quan cal nomenar un nou prelat, es convoca amb aquesta finalitat un congrés general electiu. La seva elecció ha de ser confirmada pel Papa (Estatuts, 130) que, d'aquesta manera, confereix l'ofici de prelat. (Codi de Dret Canònic, 178-179)

La prelatura de l'Opus Dei s'organitza en àrees o territoris anomenats regions. Al capdavant de cada regió, que sol coincidir amb un país, hi ha un vicari regional, amb els seus consells: assessoria regional per a les dones i comissió regional per als homes.

Algunes regions se subdivideixen en delegacions d'àmbits més reduïts. En aquest cas, es repeteix la mateixa organització del govern: un vicari de la delegació i dos consells.

Espanya, per exemple, és una regió que està dividida en deu delegacions: Barcelona, Granada, Madrid Est, Madrid Oest, Pamplona, Santiago, Sevilla, València, Valladolid i Saragossa.

Finalment, a nivell local hi ha els centres de l’Opus Dei, que organitzen al seu àmbit els mitjans de formació i l'atenció pastoral dels fidels de la Prelatura. Els centres són de dones o d'homes.