José Javier Marcos rođen je u Palenciji (Španjolska) 19. ožujka 1961. Studirao je pravo na sveučilištima u Valladolidu i Leonu. Doktorirao je teologiju na Pontifikalnom sveučilištu Santa Cruz.

Od 1984. do 1990. radio je kao odvjetnik u Burgosu (Španjolska), gdje je bio predsjednik Udruge mladih odvjetnika. Osim što je sudjelovao na brojnim kongresima i skupovima posvećenima pravnoj tematici, bio je savjetnik u posebnoj komisiji za probleme ovisnosti o drogama i pomoći ovisnicima (1987-1990.)

1992. godine postao je direktor odjela za promidžbu i razvoj te član rektorskog kolegija Sveučilišta Santa Cruz, gdje je vodio i upravljao odjelom za ekonomsku promidžbu, uredom za informiranje, pravno savjetovanje, uredom za tisak te kadrovskom službom.

Nakon svećeničkog zaređenja predavao je moralnu teologiju. Autor je brojnih radova na temu afektivnost i kršćanskog moralnog života.

2010. godine postao je Središnji vikar tajnik prelature Opus Dei.