Tek što su mudraci otišli iz Betlehema, pojavio se anđeo Gospodnji Josipu u snu i rekao mu: „Ustani, uzmi dijete i njegovu majku, bježi u Egipat i ostani tamo dok ti ja kažem, jer će Herod tražiti dijete da ga ubije (Mt 2,13). U jednom je trenutku Marijina radost zbog posjeta mudraca, koji su prepoznali njezina sina kao Mesiju, zamijenjena tugom i boli. Bila je poznata okrutnost starog kralja Palestine, uvijek prestrašenog da ću me netko zgrabiti prijestolje; stoga je poubijao nekoliko svojih sinova i drugih osoba koje su mu bile sumnjive, kako utvrđuju razni povijesni izvori. Opasnost je dakle bila velika; ali Bog je imao druge planove za spasenje koji se nisu mogli ostvariti ambicijom i bezakonjem. Međutim, Gospodin ne djeluje izravno: računa s odgovorom svojih vjernih stvorenja. Stoga su se mudraci, nakon što su primili u snovima obavijest da se ne vraćaju Herodu, vratili u svoju zemlju drugim putem (Mt 2,12).
Također se i Josip ponašao krajnje poslušno. Nakon što je primio božansku obavijest, ustao je, uzeo dijete i njegovu majku noću i pobjegao u Egipat (Mt 2, 14). Počeo je prvi od progona koji je Krist morao pretrpjeti na zemlji tijekom povijesti. On sam i članovi njegova mističnog Tijela.
Postojala su dva glavna puta u Egipat. Jedan lakši i češće korišten silazio je obalama Mediterana i prelazio preko grada Gaze. Drugi, rjeđe korišten, prolazio je preko Hebrona i Bersabe i Idumejske pustinje te se probijao na Sinaj. U svakom se slučaju smatrao dugim putovanjem, od nekoliko stotina kilometara, koji je morao trajati od deset do četrdeset dana.
U Hebronu ili u Bersabi (taj je grad smješten 60 kilometara od Betlehema) morali su kupiti namirnice prije nego što su se suočili s prijelazom pustinje. Vjerojatno je da su se na tom dijelu puta priključili nekoj maloj karavani, jer je bilo gotovo nemoguće putovati samo: strašna vrućina, nedostatak vode, opasnost od razbojnika, činili su takav način putovanja apsolutno nepreporučljivim. Povjesničar Plutarh pripovijeda da su rimski vojnici godine 155. prije Krista izradili taj put kako bi se borili u Egiptu, kao i da su se više bojali poteškoća u pustinji nego rata u kojem će se boriti.
Bog je imao druge planove za spasenje koji se nisu mogli ostvariti ambicijom i bezakonjem. Međutim, Gospodin ne djeluje izravno: računa s odgovorom svojih vjernih stvorenja
Tradicija logično pretpostavlja da je Marija s Isusom na rukama jahala na magarcu kojega je Josip vodio za ular. Ali u mašti apokrifnih pisaca nastajale su brojne legende o tom putovanju: palme su širile svoje grane kako bi ponudile hlad bjeguncima, ukrotile zvijeri, razbojnici se pretvaraju u pomoćnike, izvori vode povremeno su se pojavljivali kako bi putnicima utažili žeđ… Putem poetskih slika pokazuje se hvalevrijedan čin brige za Božju providnost. Istina je, međutim, da je bijeg Svete obitelji osim tjelesne iscrpljenosti bio praćen i strahom da će ih vojnici uhvatiti. Samo kada su došli u Rhinocoluru, blizu granice Palestine s Egiptom, mogli su se osjećati opuštenije.
U međuvremenu se u malom selu Betlehemu odvijalo smaknuće dječaka mlađih od dvije godine, istrgnutih iz ruku njihovih majki. Tada se ispunilo ono što je rečeno po proroku Jeremiji, a bilježi sv. Matej „Glas se čuje u Rami, plač i velika tuga: Rahela plače za svojim sinovima i priznaje da nema utjehe jer oni više ne postoje“(Mt 2,18). Riječ je, nesumnjivo, o odlomku koji je teško razumjeti, a koji je ponekad bio kamen spoticanja za mnoge: Kako Bog može dopustiti patnju nevinih, posebno ako su djeca? Odgovor na to pitanje oslanja se na čvrste argumente: Bog se ne odnosi prema ljudima kao prema marionetama, nego poštuje njihovu slobodu, pa i kada čine zlo. U isto vrijeme, sa svom mudrošću i providnošću, Bog odvaja dobro od zla. Bog piše ravno po zakrivljenim ljudskim crtama. Međutim, samo u svjetlu križa Kristova ta zagonetka postaje jasna. Otkupljenje se ispunjava posredstvom patnje Pravednika i Nevinog, koji se želi povezati s ljudima u svojoj žrtvi.
Tradicija nije jednodušna u pogledu mjesta boravka Svete obitelji u Egiptu: Memfis, Heliopolis, Leontpolis…, jer su u širokoj delti Nila živjele mnoge židovske zajednice. Pridružili su se jednoj od njih kao još jedni emigranti. Tamo je Josip našao posao koji mu je dopuštao da osigura dostojan, ali siromašan život svoje obitelji. Prema općim procjenama, živjeli su u Egiptu barem jednu godinu, dok anđeo ponovno nije navijestio Josipu da se može vratiti u Palestinu.
Bili su to mjeseci skrivenoga rada i šutljive patnje, nostalgije za napuštenom kućom, i u isto vrijeme radosnog gledanja Isusova odrastanja, zdravog i jakog, daleko od opasnosti koja je vrebala. U svojoj okolini promatrali su mnoštvo idolatrije i tuđih bogova s karakteristikama životinja. Ali Marija je znala da je Krist na svijet također došao i za te pogane, jer su i oni bili određeni za otkupljenje, tako da ih je Gospa prigrlila u svom srcu.
J.A. Loarte