Po krátkém angažmá v soukromé sféře pracoval jako vědecký spolupracovník v Institutu termodynamiky ETH, kde se podílel na vývoji několika patentů. Protože byl citlivý k problému chudoby v rozvojových zemích, po několika letech, v roce 1972, změnil své zaměstnání a založil v Curychu společně s dalšími nadaci Limmat.

Pod jeho vedením podporovala tato instituce v dalších 17 letech stovky veřejných projektů ve více než třiceti zemích na čtyřech kontinentech. Hlavní zaměření tohoto úsilí byla rodina a žena, lékařská péče a školení mladých lidí na profesionální povolání.

V roce 1962 požádal Toni Zweifel o přijetí do Opus Dei, instituce katolické církve, nyní již osobní prelatura, kterou z Božího vnuknutí založil svatý Josemaría Escrivá s cílem podporovat povolání všech křesťanů ke svatosti při vykonávání jejich profesionálních a rodinných povinností.

Toni toto povolání naplňoval s naprostým odevzdáním a věrností až do konce svého života. Jeho práce se vyznačovala velkými lidskými i nadpřirozenými kvalitami, snažil se pomáhat svým bližním co nejlépe. Zároveň měl srdečný smysl pro humor a vedl jednoduchý styl života.

Toni s naprostým odevzdáním přijal Boží vůli, když ho v roce 1986 překvapila nevyléčitelná nemoc ještě na vrcholu jeho aktivního života. Zemřel na leukémii v Curychu 24. listopadu 1989 v pověsti svatosti.