Va ser, segons els evangelis, la primera a qui s’hi va aparèixer Jesús després de la resurrecció, després de cercar-lo amb llàgrimes (Jn 20,11-18). D'aquí la veneració que ha tingut en l'Església com a testimoni del ressuscitat. (Veure la pregunta Qui era Maria Magdalena?). D'aquests passatges no es pot deduir ni que va ser una pecadora, ni de bon tros que va ser la dona de Jesús.

Els qui sostenen això últim acudeixen al testimoniatge d'alguns evangelis apòcrifs. Tots ells, potser amb l'excepció d'un nucli de l'Evangeli de Tomàs , són posteriors als evangelis canònics i no tenen caràcter històric, sinó que són un instrument per a transmetre ensenyaments gnòstics. Segons aquestes obres, que encara que duguin el nom d'evangelis no ho són pròpiament, sinó escrits amb revelacions secretes de Jesús als seus deixebles després de la resurrecció, Mariam (o Mariamne o Mariham; no apareix el nom de Magdalena fora d’uns pocs llibres) és qui entén millor aquestes revelacions. Per això és la preferida de Jesús i qui rep una revelació especial. L'oposició que en alguns d'aquests textos (Evangeli de Tomàs, Diàlegs del Salvador, Pistis Sophía , Evangeli de Maria ) mostren els apòstols cap a ella per ser dona reflecteix la consideració negativa que alguns gnòstics tenien del femení i la condició de Maria com deixeble important. Nogensmenys, alguns volen veure en aquesta oposició un reflex de la postura de l'Església oficial d’aleshores, que estaria en contra del lideratge espiritual de la dona que proposaven aquests grups. Res d'això és demostrable. Aquesta oposició més aviat pot entendre's com un conflicte de doctrines: les de Pere i altres apòstols enfront de les quals aquests grups gnòstics exposaven en nom de Mariam. En qualsevol cas, el fet que es recorri a Maria és una forma de justificar els seus plantejaments gnòstics.

Als altres evangelis apòcrifs, especialment a l'Evangeli de Felip , Mariam (aquesta vegada citada també amb el nom d'origen, Magdalena) és el model de gnòstic, precisament per la seva feminitat. Ella és símbol espiritual de seguiment del Crist i d'unió perfecta amb ell. En aquest context es parla d'un petó de Jesús amb Maria (si és que el text cal entendre'l realment així), simbolitzant aquesta unió, ja que mitjançant aquest petó, una espècie de sagrament superior al Baptisme i l'Eucaristia, el gnòstic s'engendrava a si mateix com a gnòstic. El to d'aquests escrits està absolutament allunyat d'implicacions sexuals. Per això, cap estudiós seriós entén aquests textos com un testimoniatge històric d'una relació sexual entre Jesús i Maria Magdalena. És molt trista que aquesta acusació, que no té cap fonament històric, ja que ni tan sols els cristians de l'època es van veure obligats a polemitzar per a defensar-se d'ella, ressorgeixi cada cert temps com una gran novetat.