En rebre la notícia ambdós corren al sepulcre, on més tard Maria torna i té un encontre amb Jesús ressuscitat (Jn 20, 1-18). Això és tot el que els evangelis ens diuen sobre la relació de Pere amb Maria Magdalena. Des del punt de vista històric no es pot afegir més. L'Evangeli de Pere , un evangeli apòcrif potser del segle II, que relata les últimes escenes de la passió, la resurrecció i les aparicions de Jesús ressuscitat, es refereix a ella com “deixeble del Senyor”.

En la literatura marginal que s'origina als cercles gnòstics es troben alguns escrits on es donen confrontacions entre Pere i Maria. Com a premissa, convé recordar que són textos que no tenen caràcter històric i que acudeixen a diàlegs ficticis entre diversos personatges com mitjà de transmissió de doctrines gnòstiques. L'Evangeli de Maria és un d'aquests textos on es relata la incomprensió per part de Pere de la revelació secreta que ha rebut Maria (veure la pregunta Què diu l'Evangeli de Maria Magdalena?). Un altre escrit, pel que sembla més antic, és l' Evangeli de Tomàs . Aquí es narra al final que Simó Pere va dir: “Que s'allunyi Mariham de nosaltres!, doncs les dones no són dignes de la vida”. A la qual cosa Jesús va respondre: “Mira, jo m'encarregaré de fer-la baró, de manera que també ella es converteixi en un esperit vivent, idèntic a vosaltres els homes: doncs tota dona que es faci baró, entrarà al Regne del cel”. També en Pistis Sophia Pere s'impacienta i protesta perquè Maria comprèn millor que els altres els misteris en sentit gnòstic i és felicitada per Jesús: “Senyor, no permetis parlar sempre a aquesta dona, perquè ocupa el nostre lloc i no ens deixa parlar mai” (54b). (Aquí, no obstant això, la presència de Marta pot suggerir que la Maria que apareix no és la Magdalena sinó la germana de Marta i Llàtzer, encara que bé podien haver-se identificat les dues Maríes). En aquests textos s'observen trets heretats de la mentalitat rabínica, segons la qual les dones eren incapaces d'apreciar la doctrina religiosa (cf. Jn 4, 27), i elements propis de l'antropologia gnòstica, on el femení ocupa un lloc destacat com vehicle de comunicació de revelacions esotèriques.

Les relacions entre Pere i Maria Magdalena deurien ser similars a les que hi havia entre Pere i Joan, Pere i Pau, Pere i Salomé, etc. És a dir, les pròpies de qui estava al capdavant de l'Església amb els altres deixebles del Senyor i que, després de la seva resurrecció, donaven testimoniatge del ressuscitat i proclamaven l'Evangeli. Altres relacions són fantasia.