教宗在雷根斯堡大学（Regensburg University）的讲辞中，援引中世纪拜占廷皇帝的话，来說明任何以宗教为动机的暴力（圣战），都是不理性和不对的。
於是引起回教徒的反应。
以下是教宗本笃十六世「邀请坦诚对话和深感抱歉的讲辞」，及国务卿枢机的声明。
教宗本笃十六世於2006年9月17日，在冈道尔夫堡，领念三钟经前，有关「邀请坦诚对话」及「深感抱歉」的讲辞：
「在这时刻，我愿意加上：我为在雷根斯堡大学（Regensburg University）的讲话中，有些部分，被认为冒犯了『穆斯林』（回教徒）的感受，而在一些国家所引起的反应，深感抱歉。
「事实上，这些部分是引述中世纪的原文，並絕不表示我个人的想法。
「昨天，国务卿枢机发表了有关这方面的声明，他在声明中解释了我讲辞的真正意思。
「我希望这樣可以使眾人心中不再介怀，並澄清我讲话的真实意思。我讲话的整体意思，无论『过去』和『现在』，都是『邀请以极大的互相尊重来坦诚对话』。」
译自https://www.zenit.org/english/
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梵蒂冈国务卿贝尔托內枢机，就有关「穆斯林」（回教徒）对教宗讲话中某些部分的反应，在2006年9月16日所作的声明：
鉴於教宗在雷根斯堡大学讲话中，某些部分，引起「穆斯林」人士的反应，在圣座新闻办公室主任已发表的澄清和解释之上，我谨补充如下：
教宗有关「回教」的立场並不含糊，正如梵二大公会议文件Nostra Aetate (3) 所說：
「天主教会也尊重回教徒。他们崇拜唯一、生活、常存、慈悲、全能、创造天地、曾对人讲话的天主。他们努力使自己全心顺服天主的命令，包括隐秘的命令在內，就如依斯兰信仰所衷心佩服的亚巴郎顺服天主一樣。他们虽不承认耶稣为天主，但卻尊之为先知，並尊敬耶稣的童贞母亲玛利亚，並且有时虔诚地向她呼求。此外，他们也期待审判之日，那时天主将酬报一切复活的人。因此，他们也重视道德生活，並以祈祷、施舍、斋戒恭敬天主。」
教宗赞同「宗教和文化交谈」，同樣並不含糊。
他於2005年8月20日，在德国科隆，与「穆斯林」团体的代表会面时，說明：「基督徒与『穆斯林』的这种对话，不可減弱为额外的选择」，且說：「过往（历史）的教训一定要帮助我们避免重复同樣的错误。我们一定要找出修和的途径，並学习活出互相尊重对方身分。」
教宗在雷根斯堡大学讲话中，援引拜占廷皇帝Manuel II Paleologus的意见；教宗无意表示，也絕不表示他认同这意见。
完整和留心细读教宗的讲稿，便能清楚教宗是简单地援引作为学术资料，来为「宗教与暴力关系」的主题，作出某些综合反省，且在结论中，清楚及彻底地拒絕来自任何方面，以「宗教为动机」的「暴力」。
有关这鲇，值得重提教宗本笃十六世本人，最近在纪念他的前任：若望保祿二世，於1986年10月在亚西西，创办「跨宗教和平祈祷聚会」廿周年时，所发表的文告中，重新肯定：
「……暴力行动不可能属於宗教本身，而是属於它所生活其中和发展时的文化局限……事实证明，『与天主的关系』和『爱的道德规范』之间的密切连系，均存在於所有伟大的宗教传统之中。」
因此，教宗为他讲话中某些部分，可能听来冒犯了回教信徒的感受，诚意地表示遗憾，並表示这絕不是他的原意。
事实上，是教宗在回教信徒的宗教热情面前，警告俗化的西方文化，要慎防「轻视天主，及玩世不恭，以致把嘲弄神圣，以为是行使自由。」
教宗重申他对宣认回教信仰者的尊重及敬佩，他希望他们了解他說话的正确意思，如此，迅速克服现在的不安时刻，好能为「创造天地，並向人类讲话的天主」加倍作证，並加強合作，「一起促进人类社会的正义、道德秩序、和平与自由。」（Nostra Aetate 3）
译自梵蒂冈网页：