Krótko po przybyciu do Rzymu, św. Josemaría wyraził swoje pragnienie, by iść modlić się do katakumb. Widzicie, że nie jesteśmy sami? Mówił do swoich synów w zamknięciu Ambasady Hondurasu, kilka lat wcześniej. Jak pierwsi wierni w spokoju rzymskich katakumb, możemy wołać: “Dominus illuminatio mea et salus mea, quem timebo?” (Ps 26,1). Pan jest moim światłem i moim zbawieniem, kogo mam się lękać? Tylko tak możemy sobie wytłumaczyć bohaterskie czyny, naprawdę odważne, których dokonali pierwsi chrześcijanie. Z pewnością zaufania w pomoc Bożą, bez robienia rzeczy dziwnych, weszli wszędzie: na forum, do pałaców, nawet do domu cesarza.
W pierwszych godzinach rannych 4 lipca 1946 roku św. Josemaría pojechał do Katakumb św. Kaliksta. Założyciel Opus Dei odprawił Mszę Świętą w Krypcie Papieży, a ksiądz Alvaro w Krypcie św. Cecylii. Potem odwiedzili Katakumby św. Sebastiana i pierwotne groby Apostołów.
Od początku Dzieła, św. Josemaría lubił cytować pierwszych chrześcijan jako przykład i wzór, by wytłumaczyć życie wiernych Opus Dei. Nie na próżno nazywał ich naszymi poprzednikami w starym i jak najbardziej nowym apostolstwie Opus Dei.
Oblicza się, że liczba chrześcijańskich grobów w katakumbach św. Kaliksta wynosi około pięćset tysięcy. W większości są to proste groby, z prostymi napisami, dla ich odróżnienia. Od IV wieku, kiedy skończyły się prześladowania, zaczęto częściej stosować napisy na tablicach. Obok imienia, jakby dla zaznaczenia elementu charakterystycznego życia danej osoby, zwykle pisano zawód. Byli tam piekarze, stolarze, krawcy, malarze, nauczyciele, lekarze, prawnicy, urzędnicy państwowi, żołnierze.... Jasne odbicie różnorodności zajęć chrześcijan, którzy – jak mówi św. Augustyn – wymieszani z innymi zwykłymi ludźmi, żyli jak inni, ale poruszeni inną wiarą, inną nadzieją i inną miłością. Jak musiał cieszyć się św. Josemaría na myśl o takich poprzednikach w wierze, którzy szukali świętości pośród świata, będąc zaczynem w masie społeczeństwa. Miłość oraz cześć, jakie wobec nich odczuwał sprawiały, że często podawał ich jako przykład w swoim nauczaniu: nie mam innego przepisu na skuteczność niż ten, który mieli pierwsi chrześcijanie. Nie ma innego, dzieci moje.
W ciągu całego swojego życia, Założyciel Opus Dei przy licznych okazjach odnosił się do malowideł lub rycin z katakumb, ilustrując takie tematy jak miłość do Najświętszej Maryi Panny, braterstwo, jedność z Papieżem, które graficznie świadczyły one o wiernych pierwszych wieków. Jednakże, jeśli trzeba by było wyróżnić jeden z obrazów pierwszych chrześcijan, w którym był szczególnie zakochany, należało by wymienić Dobrego Pasterza.
W pokoju, w którym pracował św. Josemaría w Villa Tevere, umieszczono tablicę z piaskowca przedstawiającą Dobrego Pasterza na wzór obrazu z katakumb, oraz wersety Juana del Enciny: tan buen ganadico / y más en tal valle / placer es guardalle. / Y tengo jurado / de nunca dejalle, / mas siempre guardalle. (tak dobre stadko, i w takiej dolinie, to przyjemność opiekować się nim. Przysięgam go nigdy nie opuścić, tylko opiekować się nim zawsze.) Od pierwszego dnia, od 2 października 1928 roku, czuję wobec was i wobec waszego życia Boży impuls, ojcowski i matczyny. Nic żadnego z was nie jest mi obce, ani tych tysięcy córek i synów, których nie znam.
Lubił mówić o Dobrym Pasterzu, by pobudzić naszą troskę o wszystkie dusze: Panie, mam sztylet wbity w serce: potrzebę pomagania im. Idź Ty sam za nimi, Dobry Pasterzu, i weź ich na swoje ramiona. Niech rozmnoży się ukochana postać, którą kontemplujemy w katakumbach. Kiedy pasterz znajduje zgubioną owcę, bierze ją z radością na swoje ramiona i po przyjściu do domu woła przyjaciół i sąsiadów, mówiąc: cieszcie się ze mną, bo znalazłem owcę, która mi się zgubiła (Łk 15, 5-6).
Założyciel Opus Dei nie tylko w swoim życiu mówił o Dobrym Pasterzu, ale także starał się nim być, wprowadzając w życie słowa Chrystusa z Ewangelii: Ja jestem Dobrym Pasterzem. Dobry Pasterz daje życie za swoje owce.
Bp Javier Echeverria pisał, że św. Josemaría rozważał w ciągu całego swojego życia ewangeliczne sceny o Dobrym Pasterzu. Bardzo kochał tę alegorię i był gotów poznać owce każdą z osobna; oddać życie za nie; prowadzić je na najlepsze pastwiska i nie zostawić bez opieki tej, która by się zgubiła lub zatrzymała w drodze.
Przy wejściu do Katakumb św. Kaliksta, przed zejściem po schodkach, które prowadzą do Krypty Papieży, można zobaczyć obraz Dobrego Pasterza, kopię oryginału z IV wieku, który znajduje się teraz w Muzeach Watykańskich. Jest też taka sama w Villa Tevere, niedaleko Kościoła Prałackiego Najświętszej Maryi Panny Królowej Pokoju, gdzie spoczywa ciało św. Josemaríi. Gdy na nią popatrzymy, wywołuje liczne wspomnienia: Chrystus, pierwsi chrześcijanie, Papież, wszystkie dusze... Jak czule mówił Chrystus, nasz Pan, o Dobrym Pasterzu! Jak go opisuje! Mówi nam, że owce szły za pasterzem i kochały go, i czuły, że o nie dbał.