José Javier Marcos werd op 19 maart 1961 geboren in Palencia (Spanje). Hij studeerde rechten aan de universiteiten van Valladolid en Leon. Hij promoveerde in de theologie aan de Pauselijke Universiteit van het Heilig Kruis.
Van 1984 tot 1990 was hij ingeschreven als advocaat in Burgos (Spanje). Hij was er tevens voorzitter van de Vereniging van Jonge Advocaten. Ook droeg hij bij aan diverse congressen en bijeenkomsten over juridische vraagstukken. Hij was adviseur van een commissie voor de problematiek met betrekking tot drugsverslaving en –hulpverlening (1987-1990).
In 1992 werd hij benoemd tot directeur van Promotie en Ontwikkeling en lid van de raad van bestuur van de Universiteit van het Heilig Kruis. Hij coördineerde en gaf leiding op de gebieden van fondsenwerving, communicatie, juridische zaken, publicaties en de human resources.
Na zijn priesterwijding in 1998 doceerde hij moraaltheologie. Hij is de auteur van diverse publicaties over affectiviteit en het christelijke morele leven.
In 2010 werd hij benoemd tot vicaris-centrale secretaris van de prelatuur van het Opus Dei.