La Prelatura de l'Opus Dei es finança com les diòcesis o les altres prelatures, és a dir, sobretot amb les aportacions dels fidels i d’altres persones que col·laboren econòmicament amb la seva missió.

Les iniciatives apostòliques lligades a la Prelatura en l’àmbit de l’educació, de la salut, de la promoció social, etc. – de les quals la Prelatura assumeix només la responsabilitat pel que fa a la seva vitalitat cristiana – es financen com la resta d’institucions del mateix tipus a cada país.