Antoni Pujals studeerde rechten aan de Universiteit van Barcelona. Na afsluiting van deze studie studeerde hij theologie in Rome.

Van 1980 tot 2002 werkte hij voor de centrale organisatie van het Opus Dei in Rome, samen met bisschop Álvaro del Portillo en, daarna, bisschop Javier Echevarría.

Hij promoveerde in het kerkelijk recht aan de Pauselijke Universiteit van het Heilig Kruis op het proefschrift getiteld ‘The Juridical Relationship of Incardination according to the 1983 Code of Canon Law’.

Van 2002 tot 2006 was hij vicaris van het Opus Dei in Catalonië.

In januari 2017 werd hij door de prelaat van het Opus Dei, Mgr. Fernando Ocáriz, benoemd tot vicaris-secretaris van het Opus Dei. Op 14 mei 2019 werd hij benoemd tot vicaris-generaal van de prelatuur.