Hij was doctor in het burgerlijk en het canoniek recht. Op 7 augustus 1955 werd hij priester gewijd. Hij werkte nauw samen met de heilige Jozefmaria Escrivá, wiens secretaris hij was van 1953 tot diens overlijden in 1975. Sinds 1966 was hij lid van de Algemene Raad van het Opus Dei.
Toen Álvaro del Portillo de heilige Jozefmaria in 1975 opvolgde als prelaat van het Opus Dei werd Javier Echevarría benoemd tot algemeen secretaris. Bij de oprichting van het Opus Dei als personele prelatuur, in 1982, werd hij vicaris-generaal van de prelatuur.
Hij was lid van de Congregatie voor de Heiligverklaringen en van de Rechtbank van de Apostolische Signatuur. Hij heeft deelgenomen aan de algemene vergadering van de Bisschoppensynode voor Amerika (1997) en Europa (1999), evenals aan de gewone vergaderingen van 2001 en 2005.
Na zijn verkiezing en de benoeming door Johannes Paulus II tot prelaat van het Opus Dei op 20 april 1994, werd hij door de paus op 6 januari 1995 in de Sint Pieter bisschop gewijd.
Hij heeft geestelijke boeken geschreven waaronder “Memoria del beato Josemaría”, “Itinerarios de vida cristiana”, “Para servir a la Iglesia”, “Getsemaní” y “Eucaristía y vida cristiana”.
De prelaat overleed op 12 december 2016 te Rome.