Il Prelato e, in sua vece, i suoi vicari, esercita la giurisdizione nell'Opus Dei: è l'Ordinario proprio della Prelatura.

Il Prelato dell'Opus Dei è, dal 23 gennaio 2017, mons. Fernando Ocáriz.

Il vicario ausiliare è mons. Mariano Fazio, il vicario generale è Antoni Pujals e il vicario segretario è Jorge Gisbert.

La Curia Prelatizia ha la sua sede centrale in Viale Bruno Buozzi 73, 00197 Roma, Italia.

La Prelatura dell'Opus Dei è regolata dalle norme della legislazione generale della Chiesa, dalla costituzione apostolica Ut sit e dai propri Statuti o Codice di diritto particolare dell'Opus Dei. Il Codice di diritto canonico del 1983 contiene le norme fondamentali della figura della prelatura personale (can. 294-297).

I sacerdoti che costituiscono il presbiterio della prelatura dipendono pienamente dal Prelato, che indica loro gli incarichi pastorali da assolvere in stretta unione con la pastorale diocesana. La Prelatura ha la responsabilità di sostenerli economicamente.

I fedeli laici dipendono dal Prelato per tutto ciò che riguarda la missione specifica della Prelatura. Sono soggetti alle autorità civili come tutti i cittadini, e alle altre autorità ecclesiastiche allo stesso modo di ogni fedele laico.

Per il governo dell'Opus Dei, il Prelato si avvale della collaborazione di un Consiglio formato da donne, l'Assessorato Centrale, e di un altro formato da uomini, il consiglio generale. Entrambi hanno la loro sede a Roma.

Per il governo dell'Opus Dei, il Prelato si avvale della collaborazione di un Consiglio formato da donne, l'Assessorato Centrale, e di un altro formato da uomini, il Consiglio Generale. Entrambi hanno la loro sede a Roma.

Oltre al vicario ausiliare, al vicario generale e al vicario segretario, gli altri membri del consiglio generale sono: Javier de Juan, Carlos Cavazzoli, Andrew Joseph Laird, Luis Romera e Julien Nagore.

L'assessorato centrale è così composto: Isabel Sánchez Serrano, María Díaz Soloaga, Nicola Waite, Fernanda Lopes, Kathryn Plazek, Inocencia Fernández, Susana López y Rosário Líbano Monteiro.

Sono stati nominati i delegati e le delegate regionali nelle 49 circoscrizioni in cui è geograficamente diviso il lavoro apostolico della prelatura. Provengono da più di 30 nazioni.

Il governo della Prelatura è collegiale: il Prelato e i suoi vicari esercitano le proprie funzioni con la collaborazione dei corrispondenti Consigli, formati in maggioranza da laici.

I congressi generali della Prelatura si svolgono normalmente ogni otto anni, con la partecipazione di membri provenienti dai diversi Paesi nei quali l'Opus Dei è presente. Durante tali congressi si studia il lavoro apostolico della Prelatura e si propongono al Prelato le linee per la futura attività pastorale. In occasione dei congressi il Prelato rinnova i membri dei Consigli.

La Prelatura si distribuisce in aree o territori, chiamate regioni. A capo di ogni regione, il cui ambito può coincidere o meno con quello di una nazione, c'è un vicario regionale affiancato dai suoi Consigli: l'Assessorato Regionale per le donne e la Commissione Regionale per gli uomini.

Alcune regioni si suddividono in ambiti minori chiamati delegazioni. In tal caso si ripete la medesima organizzazione di governo: un vicario della delegazione e due Consigli. Infine, a livello locale operano i centri della Prelatura, che organizzano i mezzi di formazione e la cura pastorale dei fedeli della prelatura del proprio ambito.

I centri della Prelatura sono di donne o di uomini. In ciascuno esiste un consiglio locale presieduto da un laico, rispettivamente la direttrice o il direttore, e composto da almeno altri due fedeli della prelatura. Per la specifica assistenza sacerdotale dei fedeli ascritti a ciascun centro, l'Ordinario della Prelatura designa un sacerdote del suo presbiterio.

Nessuna carica di governo, salvo quella del Prelato, è a vita.

Tutti i fedeli della Prelatura provvedono alle proprie necessità personali e familiari per mezzo del loro lavoro professionale ordinario. Oltre al mantenimento personale, i fedeli dell'Opus Dei e i cooperatori provvedono alle spese connesse alle esigenze pastorali della Prelatura.

Queste spese si riducono, essenzialmente, al sostentamento e alla formazione dei sacerdoti della Prelatura, a quelle inerenti alla sede della Curia Prelatizia, alle sedi regionali o delle delegazioni, e alle elemosine che la Prelatura effettua. Come è logico, i fedeli dell'Opus Dei aiutano anche le chiese, le parrocchie, eccetera.