La prima differenza tra vangeli canonici e apocrifi è esterna agli stessi vangeli: i canonici appartengono al canone biblico, cioè sono la regola (canone) della fede; gli apocrifi no. I canonici furono accolti come tradizione autentica degli apostoli da tutte dalle chiese di Oriente e d’Occidente della generazione immediatamente posteriore agli apostoli, mentre gli apocrifi, sebbene alcuni fossero usati sporadicamente in qualche comunità, non arrivarono a imporsi nè a essere riconosciuti dalla Chiesa universale. Una delle ragioni importanti per questa selezione, comprovabile dalla scienza storica, è che i canonici furono scritti in epoca apostolica, intesa questa in senso ampio, cioè a dire: mentre vivevano gli apostoli o i loro stessi discepoli. Così si deduce dalle citazioni che ne fanno gli scrittori cristiani della generazione seguente e dal fatto che verso l’anno 140 si arrivi ad una armonizzazione dei vangeli prendendo dati dei quattro che passarono a essere canonici (Taziano). Degli apocrifi, invece, si fanno solo riferimenti in tempo posteriore, verso la fine del secolo II. D’altra parte, i papiri che si sono trovati con testi simili, nella struttura letteraria, ai vangeli, alcuni della metà del II secolo (papiro di Egerton), sono ridotti a piccoli frammenti, segnale che le opere che vi erano trascritte non furono stimate così importanti da essere trasmesse con particolare cura alle successive generazioni.
Rispetto agli apocrifi che già si conoscevano, o che sono stati scoperti in epoca recente, le differenze rispetto ai canonici sono molto evidenti tanto nella forma letteraria come nel contenuto. Quelli già noti e che si conservano già nella epoca patristica e nel medioevo sono racconti devozionali, di carattere leggendario e ricchi di episodi fantastici. Nacquero spontaneamente, per soddisfare la pietà popolare con racconti minuziosi, ma senza rigore storico, di fatti che nei vangeli canonici non si raccontano o si trattano brevemente. In generale, riportano racconti sulla nascita della Madonna, di San Gioacchino e sant’Anna (Natività di Maria), di come una levatrice comprovò la verginità di Maria (Protovangelo di Giacomo), dei miracoli che faceva Gesù da bambino (vangelo dello Pseudo Tommaso), ecc.
Di diversa impostazione sono i documenti trovati su papiri a Nag Hammadi (Egitto): quanto al contenuto dottrinale hanno un carattere marcatamente gnostico e non cristiano. Quanto alla forma si presentano come raccolta, spesso senza alcuno schema cronologico o storico, di detti segreti di Gesù (cfr. per es. il vangelo copto di Tommaso) o di rivelazioni del Signore risorto sulle origini del mondo materiale (Apocrifo di Giovanni), o sull’ascensione dell’anima (vangelo di Maria), o raccolte di pensieri tratte forse da omelie o catechesi (vangelo di Filippo). Quantunque alcuni possano godere di una certa antichità, forse del secolo II, la differenza di stile e di contenuto con i Vangeli canonici salta immediatamente alla vista.