Il prelato dell'Opus Dei è, dal 23 gennaio 2017, mons. Fernando Ocáriz.
Il vicario ausiliare è mons. Mariano Fazio, il vicario generale è Antoni Pujals e il vicario segretario è Jorge Gisbert.
La Curia Prelatizia ha la sua sede centrale in Viale Bruno Buozzi 73, 00197 Roma, Italia.
La Prelatura dell'Opus Dei è regolata dalle norme della legislazione generale della Chiesa, dalla costituzione apostolica Ut sit e dai propri Statuti o Codice di diritto particolare dell'Opus Dei. Il Codice di diritto canonico del 1983 contiene le norme fondamentali della figura della prelatura personale (can. 294-297), modificate con il motu proprio Le Prelature personali del 4 agosto 2023.
I sacerdoti che costituiscono il presbiterio della prelatura dipendono pienamente dal prelato, che indica loro gli incarichi pastorali da assolvere in stretta unione con la pastorale diocesana. La prelatura ha la responsabilità di sostenerli economicamente.
I membri laici dipendono dal prelato per tutto ciò che riguarda la missione specifica della prelatura. Sono soggetti alle autorità civili come tutti i cittadini, e alle altre autorità ecclesiastiche allo stesso modo di ogni fedele laico.
Per il governo dell'Opus Dei, il prelato si avvale della collaborazione di un Consiglio formato da donne, l'Assessorato centrale, e di un altro formato da uomini, il Consiglio generale. Entrambi hanno la loro sede a Roma.
Oltre al vicario ausiliare, al vicario generale e al vicario segretario, gli altri membri del Consiglio generale sono: José María Sánchez Blanco, Marcelo Valenga, Andrew Joseph Laird, Luis Romera e Julien Nagore.
L'Assessorato centrale è così composto: Isabel Sánchez Serrano, María Díaz Soloaga, Nicola Waite, Fernanda Lopes, Kathryn Plazek, Inocencia Fernández, Susana López y Rosário Líbano Monteiro.
Fanno parte della plenaria di questi consigli anche i delegati e le delegate regionali delle diverse circoscrizioni in cui è geograficamente diviso il lavoro apostolico della prelatura, che oggi sono 30 e coinvolgono 68 paesi.
Il governo della prelatura è collegiale: il prelato e i suoi vicari esercitano le proprie funzioni con la collaborazione dei corrispondenti consigli, formati in maggioranza da laici.
I congressi generali della prelatura si svolgono normalmente ogni otto anni, con la partecipazione di membri provenienti dai diversi Paesi nei quali l'Opus Dei è presente. Durante tali congressi si studia il lavoro apostolico della prelatura e si propongono al prelato le linee per la futura attività pastorale. In occasione dei congressi il prelato rinnova i membri dei consigli.
La prelatura si distribuisce in aree o territori, chiamate regioni. A capo di ogni regione, il cui ambito può coincidere o meno con quello di una nazione, c'è un vicario regionale affiancato dai suoi consigli: l'Assessorato regionale per le donne e la Commissione regionale per gli uomini. Alcune regioni sono suddivise in delegazioni più piccole. In questo caso, si ripete la stessa organizzazione di governo: un vicario della delegazione e due consigli.
Nessuna carica di governo, salvo quella del prelato, è a vita.
A livello locale operano i centri della prelatura, che organizzano i mezzi di formazione e la cura pastorale dei fedeli della prelatura del proprio ambito. I centri sono di donne o di uomini. In ciascun centro è presente un consiglio locale, presieduto da un laico - la direttrice o il direttore del centro - e, di solito, da altri due fedeli della prelatura. Il vicario regionale o della delegazione designa un sacerdote del presbiterio della prelatura per la specifica attenzione sacerdotale dei fedeli che fanno riferimento a ciascun centro.
Tutti i fedeli della prelatura provvedono alle proprie necessità personali e familiari per mezzo del loro lavoro professionale ordinario. Oltre al mantenimento personale, e al mantenimento delle sedi dei propri centri, i fedeli dell'Opus Dei e i cooperatori provvedono alle spese connesse alle esigenze pastorali della prelatura. Continuamente promuovono e sostengono enti che permettono lo svolgimento di questa attività pastorale, come case per ritiri di formazione e ritiri spirituali.
Le spese proprie della prelatura si riducono, essenzialmente, al sostentamento e alla formazione dei sacerdoti della prelatura, a quelle inerenti alla sede della Curia prelatizia di Roma, alle sedi regionali o delle delegazioni, e alle elemosine che la prelatura effettua. Come è logico, i fedeli dell'Opus Dei aiutano anche le chiese, le parrocchie, eccetera.