Opus Dei prelatuuri juhivad üldise kirikuõiguse sätted, apostellik põhiseadus Ut sit ja Opus Dei põhikiri (või Opus Dei suhtes konkreetselt kohaldatav õiguskoodeks). 1983. aasta kanoonilise õiguse koodeksis on kaanonites 294–297 sätestatud põhisätted privaatprelatuuride kohta.

Prelaat on prelatuuri nõuetekohane ordinaarius. Tema ja teda esindavate vikaaride alla kuulub Opus Dei jurisdiktsioon. Praegu on prelaadiks Msgr Fernando Ocáriz, abivikaariks on Rev. Mariano Fazio, peavikaariks on Rev. Antoni Pujals ja vikaarsekretäriks on Rev. Jorge Gisbert. Prelaadi kuuria kontorid asuvad aadressil Viale Bruno Buozzi 73, 00197, Rooma, Itaalia.

Prelatuuri preestrid sõltuvad täielikult prelaadist. Ta määrab neile pastoraalsed kohustused, mille täitmisel järgivad nad täpselt selle piiskopkonna pastoraalseid juhiseid, kus nad elavad. Prelatuur vastutab oma preestrite rahalise toetamise eest. Ka ilmikud sõltuvad prelaadist kõiges, mis on seotud prelatuuri konkreetse missiooniga. Nad alluvad tsiviilvõimudele samamoodi nagu kõik teised kodanikud ja teistele kiriklikele võimudele samamoodi nagu kõik teised ilmikutest katoliiklased.

Prelatuuri valitsemisstiil on kollegiaalne. Prelaat ja tema vikaarid teevad oma tööd alati suures osas ilmikutest koosnevate nõukogude abiga. Naiste nõukogu nimetatakse keskseks nõuandvaks koguks ja meeste nõukogu üldnõukoguks, mõlemad asuvad Roomas.

Prelatuuri üldkongressid toimuvad tavaliselt iga kaheksa aasta tagant. Neil osalevad liikmed riikidest, kus Opus Dei on kohal. Kongressidel vaadatakse üle prelatuuri tööd ja esitatakse prelaadile ettepanekud tema tulevase pastoraalse tegevuse suunaks. Kongressi jooksul nimetab prelaat ametisse uued nõukogud.

Prelatuur jaguneb maa-aladeks või territooriumiteks, mida nimetatakse piirkondadeks. Iga piirkonna eesotsas, mille piirid võivad, kuid ei pruugi kattuda konkreetse riigi omadega, on piirkondlik vikaar ja kaks nõukogu: naiste piirkondlik nõuandev kogu ja meeste piirkondlik komisjon.

Mõned piirkonnad on jagatud edasi delegatsioonideks. Delegatsioonil on oma territooriumi piires vastav valitsusorganisatsioon: delegatsiooni vikaar ja kaks nõukogu. Lõpuks on kohalikul tasandil Opus Dei keskused. Need on pühendatud prelatuuri usklike koolitamise ja hingehoiu korraldamisele konkreetsel maa-alal. Keskused võivad olla naistele või meestele. Iga keskust juhib kohalik nõukogu, mida juhib ilmik (direktor) ja kuhu kuulub veel vähemalt kaks prelatuuri usklikku. Iga keskusega seotud usklike preesterlikuks hoiuks määrab prelatuuri ordinaarius oma preesterkonna hulgast preestri.

Ükski muu valitsemisamet peale prelaadi ameti ei ole eluaegne.

Kõik prelatuuri usklikud vastutavad oma isiklike ja perekondlike vajaduste rahuldamise eest oma tavatöö abil. Opus Dei liikmed ja kaasaaitajad võtavad lisaks oma elamiskulude katmisele enda kanda ka prelatuuri pastoraalse töö tegemisega seotud kulud. Need kulud on peamiselt seotud prelatuuri preestrite toetamise ja kujundamise, prelatuuri kuuria ja iga piirkonna või delegatsiooni kesk-kontorite toetamise ning prelatuuri pakutavate almustega. Ilmselgelt panustavad Opus Dei liikmed ka oma kohalikesse kirikutesse, kogudustesse jne.

Prelatuur ei sekku oma usklike ilmikute ees seisvatesse ajalistesse küsimustesse, kuna tema missioon on ainult vaimne. Iga liige tegutseb täieliku isikliku vabaduse ja vastutustundega ning Opus Dei ei käsitle oma liikmete otsuseid enda omadena. Põhikiri sätestab, et ametialase, ühiskondliku ja poliitilise tegevusega seotud küsimustes on igal prelatuuri usklikul katoliikliku usu- ja moraaliõpetuse piires samasugune täielik vabadus kui teistel katoliiklastest kodanikel. Prelatuuri võimud peavad täielikult vältima nendes küsimustes isegi nõu andmast.