Opus Dei tänane prelaat on piiskop Javier Echevarría.

generaal vikaar on monsignor Fernando Ocáriz ning

kesksekretariaadi vikaar on monsignor José Javier Marcos.

Peakorter asub Roomas, Viale Bruno Buozzi 73, 00197, Itaalias.

Naiste poolelt on selleks keskassessoraat ja meeste poolelt peanõukogu. Mõlemate peakorter asub Roomas.

Tavaliselt kord kaheksa aasta tagant toimub peakongress, kus osalevad liikmed nendest maadest, kus Opus Dei tegev on. Need kongressid kaaluvad prelatuuri apostoolset tööd ja teevad prelaadile ettepanekuid tema tulevaseks pastoraalseks tegevuseks. Prelaat määrab kongressil oma uued nõunikud.

Kui tuleb määrata uus prelaat, kutsutakse kokku valimiskongress. Prelaat valitakse üldise ja partikulaarse õiguse alusel prelatuuri preestrite seast, kes peavad vastama teatud tingimustele vanuse, Opus Dei liikmeks olemise aja, pastoraalse kogemuse jne osas. Valiku peab kinnitama paavst, kes sellega valitule prelaadi ameti üle kannab.

Prelatuur on maaalade kohaselt jagatud niinimetatud regioonideks, mis geograafiliselt sageli, ent mitte kohustuslikult mõne riigi piiridega kokku langevad. Iga regiooni eesotsas on regionaalvikaar oma nõunikega, kes moodustavad regionaalassessoraadi naiste tarvis ja regionaalkomisjoni meeste jaoks. Mõned regioonid on peale selle ülevaatlikkuse huvides jagatud territoriaalseteks üksusteks, millel on samasugune juhtimisstruktuur. Neid juhib oma vikaar, taas toetatud kahe organi poolt.

Kohalikul tasandil lõpuks asuvad Opus Dei üksikud asundused, niinimetatud keskused. Nad organiseerivad oma ümbruses haridustegevust ja Opus Dei liikmete hingehooldust. Keskusi on olemas naistele ja meestele. Iga üksikut keskust juhib kohalik nõukogu, kelle eesistujaks on mees- või naissoost ilmikust juhataja ja kuhu kuulub veel vähemalt kaks prelatuuri ilmikut. Keskusega seotud isikute eriliseks preesterlikuks teenimiseks määrab prelaat või tema vikaarid ühe prelatuuri preestritest.

Peale prelaadi pole ükski juhtiv amet eluaegne.