Wie den meisten Spaniern war auch dem hl. Josefmaria in keiner Weise bekannt, dass für den 18. Juli ein Militärputsch geplant war. Ähnlich wie die Mehrzahl der Priester und Bischöfe Spaniens wurde er von dem Aufstand völlig überrumpelt.
In jenen Tagen war Escrivá dabei, den Anfang der apostolischen Arbeit in Valencia und in Paris vorzubereiten. Gleichzeitig lief der Umzug des vor kurzer Zeit eröffneten Studentenheims auf der Ferraz-Straße 50 in das Haus Nummer 16 derselben Straße. Er selbst war gerade dort, als der Aufstand begann. In unmittelbarer Nähe des Hauses befand sich die Madrider Hauptkaserne, die zum Mittelpunkt der Kämpfe wurde. Auf Grund dieser Kämpfe musste er sich zwei Tage lang im Studentenheim aufhalten. Erst am 20. Juli konnte er auf die Straße gehen und in der Wohnung seiner Mutter eine erste Zuflucht suchen.
Mit der religiösen Verfolgung, die sofort einsetzte, begann für ihn eine Zeit des Aufenthalts im Untergrund. Sie dauerte bis Ende 1937, als es ihm gelang, in einem Fußmarsch über die Pyrenäen in die andere Zone Spaniens zu fliehen, wo er seine priesterliche Arbeit frei ausüben konnte.
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