Das erste Mal musste er auf einen Wien-Besuch verzichten, weil er es für unklug hielt, durch die von den sowjetischen Truppen kontrollierte Zone zu reisen und so besuchte er nur Tirol. Von Innsbruck setzte er die Reise nach Bayern fort, um Kardinal Michael Faulhaber zu besuchen.
Sechs Tage vor der Unterzeichnung des Staatsvertrages zwischen den Alliierten und Österreich kam der hl. Josefmaria für vier Tage vom 6. bis 19. Mai 1955 nach Wien. Sowohl damals als auch in seinem folgenden Besuch im Dezember des gleichen Jahres besprach mit dem damaligen Erzbischof-Koadjutor Franz Jachym und Nuntius Giovanni Dellepiane den Beginn des pastoralen Arbeit des Opus Dei in Österreich.
An einem Sonntag, den 4. Dezember, nachdem er die Hl. Messe im Wiener Stephansdom gefeiert hatte, hielt er die Danksagung vor einer aus dem Nordosten Ungarns stammenden Ikone, Mária Pócs. Vor diesem Gnadenbild hatte er die Eingebung, ein kurzes Gebet zu formulieren, das seither viele Menschen überall in der Welt beten: „Sancta Maria, Stella Orientis, filios tuos aduiva!“ („Heilige Maria, Morgenstern, hilf deinen Kindern!“) Später erinnerte sich der Wiener Erzbischof, Kardinal Franz König, dass er verschiedene Male gehört hatte, wie der hl. Josefmaria dieses Gebet sprach. Escrivá war überzeugt, dass Wien eine wichtige Rolle im Hinblick auf die Länder in Osteuropa spielte.
Aus diesem Grund hatte der hl. Josefmaria zwei junge Akademiker,dem Arzt Joachim Francés, und den Wirtschaftswissenschaftler Remigius Abad, die 1954/55 ihr Theologiestudium in Rom abgeschlossen hatten, ob sie bereit seien, mit der Arbeit in Österreich zu beginnen. Beide empfingen 1956 die Priesterweihe. In den frühen Morgenstunden des 22. Mai 1957 kamen sie am Westbahnhof in Wien an, begleitet vom damaligen Leiter des Opus Dei in Deutschland, Alfons Par.
Die Neu-Angekommenen wohnten 1957 zuerst in Untermiete in der Barnabitengasse 3/26. Ihr erster Besuch beim Wiener Erzbischof Franz König war der Beginn einer langen Freundschaft, an der auch bald der hl. Josefmaria und sein Nachfolger Álvaro del Portillo teilhatten. Diese Freundschaft und Wertschätzung verstärkte sich in Rom während des II. Vatikanischen Konzils. Von Anfang an war König vom säkularen Geist des Opus Dei gepackt.
Im September und November 1958 kamen vier weitere Angehörigen des Opus Dei in Wien an: zwei Priester und die beiden ersten Laien. Im Mai 1959 war Österreich innerhalb des Werkes schon eine eigene rechtliche Einheit, die direkt vom Generalrat in Rom abhing.
Eine Diplompsychologin aus Bonn, Käthe Retz, sollte ein Jahr später am 1. Mai 1960 in Wien ankommen, begleitet von Josefina Elejalde aus Bilbao und Marga Schramel aus Konstanz. In drei Monaten schafften es die drei Frauen, eine halbverlassene Villa im 18. Wiener Bezirk in ein angenehmes Heim für Studentinnen, das den Namen Währing erhielt, zu verwandeln.
Sehr schnell kamen dieersten Berufungen von Frauen und Männern.Das Werk entwickelte sich in Wien und darüber hinaus. Der hl. Josefmaria verfolgte das Apostolat in Österreich, genau, sogar via Telefon. Im Jahre 1963 fand die letzte Reise des hl. Josefmaria nach Österreich statt. Nach der Eröffnung de Studentinnenheimes Währing bestand der hl. Josefmaria darauf, dass die Männer ihrerseits ein Wohnheim für Studenten gründeten, was dann 1964 geschah (Studentenhaus & Akademie Birkbrunn). 1968 wurden die ersten Zentren in Graz eröffnet. Das Apostolat wirkte sich positiv in der Pastoral der Ortskirchen und wurde von den Bischöfen willkommen geheißen.
Die Wertschätzung von Kardinal Franz König für den hl. Josefmaria zeigte sich 1970, als er die Kirche St. Peter Priestern des Opus Dei anvertraute. Besonders eindrucksvoll war der Einsatz des Wiener Kardinals, als es darum ging, 1981 und 1982 die vom Gründer gewünschte kirchenrechtliche Umwandlung des Opus Dei zu erreichen.
1975 gründete man in Wien einen Jugendclub für Burschen (ClubDelphin). 1984 wurde das Internationale Tagungshaus Hohewand in Dreistetten feierlich eröffnet. Frauen des Opus Dei eröffneten 1978 einen weiteren Jugendclub für Mädchen (Club Stubentor). In praktisch allen Bundesländern entstanden Brennpunkte christlicher Bildungsarbeit. Zentren des Opus Die richtete man jeweils in Salzburg (1983), Innsbruck (1987), Dornbirn und Linz (1999) ein.
Ab 1989 hatte das Opus Dei von Wien aus die Arbeit in den angrenzenden Ländern aufgenommen: 1990 in Tschechien und der Slowakei,wo das Wachstum der Arbeit bald die Errichtung einer selbständigen Region innerhalb des Opus Die erforderte., sowie in Ungarn (1990) und Rumänien (2009). Der Beginn des Apostolates in Polen (1989) und in Kroatien und Slowenien (2003) wurde von Rom aus organisiert, aber doch auch mit Unterstützung von Wien aus.
1967 sagte der hl. Josefmaria über die Zukunft: „Früher oder später werden die mit Gewalt errichteten Mauern zerbrechen, wie jene von Jericho. Und wir müssen auf diesen Augenblick vorbereitet sein“. Die Geschichte des Opus Dei in Östereich kann auch so gelesen werden.