Os Estatutos da Prelatura do Opus Dei indicam que o prelado há de ser, para os fiéis da prelatura, mestre e Pai, que ame de verdade a todos em Cristo e os forme e os inflame com ardente caridade, gastando a sua vida gostosamente por eles (cf. Estatutos da prelatura do Opus Dei, 132, §3).
O prelado rege a prelatura como ordinário e pastor próprio (cf. Código de Direito Canónico, cânon 295, e Constituição apostólica Constituição apostólica Ut sit, 28 de novembro de 1982, art. IV). A sua jurisdição é, por isso, análoga à dos bispos diocesanos: confia-se-lhe uma pequena parte do Povo de Deus sobre a qual tem potestade ordinária própria, quer dizer, não delegada nem vigária, para cumprir o fim específico da prelatura. Como os pastores das outras circunscrições eclesiásticas (dioceses, ordinariatos, etc.), depende do Romano Pontífice, neste caso através da Congregação para os Bispos.
As relações entre a prelatura e as igrejas locais são marcadas pela comunhão entre os pastores e pela complementaridade e a cooperação na missão evangelizadora da Igreja. A potestade que o prelado e o bispo diocesano têm sobre os fiéis de uma Prelatura são da mesma natureza teológica, mas com uma distinção funcional: a do prelado circunscreve-se à peculiar missão pastoral confiada à Prelatura, enquanto que ao bispo compete o habitual cuidado pastoral de todos os fiéis. A incorporação de uma pessoa na prelatura não limita nem diminui a jurisdição do bispo sobre essa pessoa. Os fiéis leigos da prelatura estão sob a potestade do bispo diocesano em tudo o que é estabelecido com caráter geral para os fiéis comuns. Por outro lado, os fiéis leigos do Opus Dei gozam, como qualquer fiel católico, de liberdade e independência pessoal nas suas decisões em matérias temporais: profissionais, políticas, etc. (cf Estatutos, 88, §3).
A jurisdição específica do prelado exerce-se tanto sobre os clérigos incardinados na prelatura (fiéis do Opus Dei que, depois de receberem a formação necessária, aceitam livremente receber o Sacramento da Ordem), como sobre os leigos (cf. S. João Paulo II, Const. Ap. Ut sit, art. III; Discurso, 17/03/2001).
No que respeita aos sacerdotes, além das consequências da incardinação no presbitério da prelatura, o prelado, com a colaboração dos seus vigários, tem a faculdade de distribuir adequadamente entre eles as diversas missões pastorais próprias da prelatura (cf. Estatutos, 50). Ao mesmo tempo, tem o dever de cuidar da sua formação permanente (atualização teológica, preparação espiritual e pastoral), do seu sustento e da assistência em caso de doença ou velhice (cfr. Estatutos, 54-55).
Quanto aos leigos incorporados no Opus Dei, a potestade do prelado refere-se à orientação geral da formação e da assistência espiritual e apostólica específica, com vista à sua dedicação ao serviço da Igreja e ao cumprimento dos compromissos espirituais e apostólicos derivados da incorporação na prelatura.
Esta solicitude pastoral manifesta-se principalmente através de conselhos e exortações. No conjunto de direitos e deveres formulados pelo direito comum e detalhados nos Estatutos da prelatura, o prelado deve prestar particular atenção ao cumprimento do direito aplicável ao Opus Dei e, sobretudo, à execução fiel das disposições da Santa Sé (cf. Estatutos, 132, §§2 e 5). O trabalho apostólico da prelatura contribui para o bem das igrejas locais onde se desenvolve. Os vigários da prelatura mantêm relações de comunhão com as autoridades eclesiásticas territoriais (cf. Estatutos, 174, §1).