D. Javier Echevarria nasceu em Madrid, no dia 14 de junho de 1932. Era o mais novo de 8 irmãos. Estudou no Colégio dos Marianistas em San Sebastián e, depois, no Colégio dos Maristas em Madrid.
Em 1948 conheceu numa residência de estudantes alguns rapazes do Opus Dei. No dia 8 de setembro desse mesmo ano pediu a admissão no Opus Dei, ao sentir-se chamado por Deus a procurar a santidade nas ocupações normais do dia a dia.
Começou os estudos universitários em Direito, na Universidade de Madrid, que completou em Roma. Doutorou-se em Direito Canónico pela Universidade Pontifícia de S. Tomás, em 1953, e dois anos depois, em 1955, em Direito Civil, pela Universidade Pontifícia Lateranense.
Foi ordenado sacerdote a 7 de agosto de 1955. Colaborou de perto com S. Josemaria Escrivá de Balaguer, de quem foi secretário desde 1953 até à sua morte, em 1975
Em 1975, quando Álvaro del Portillo sucedeu a S. Josemaria, Javier Echevarria foi nomeado Secretário Geral do Opus Dei e, em 1982, Vigário Geral.
Em 1994, depois do falecimento do beato Álvaro del Portillo, foi eleito prelado do Opus Dei e, no dia 6 de janeiro de 1995, recebeu a ordenação episcopal das mãos de S. João Paulo II, na Basílica de S. Pedro.
Desde o início do seu ministério como prelado, teve como prioridades a evangelização nos campos da família, da juventude e da cultura. Promoveu o arranque estável da ação formativa da prelatura em 16 países; entre outros, a Rússia, o Casaquistão, a África do Sul, a Indonésia e o Sri Lanka. Viajou pelos cinco continentes para encorajar a presença evangelizadora dos fiéis e cooperadores do Opus Dei. Alentou o início de muitos projetos para apoio a imigrantes, doentes e marginalizados. Acompanhava com especial atenção os vários centros de cuidados paliativos para doentes terminais.
Nas suas viagens de catequese e no ministério pastoral, alguns temas eram habituais: o amor a Jesus Cristo na cruz, o amor fraterno, o serviço aos outros, a importância da graça e da palavra de Deus, a vida em família, a união com o Papa. Precisamente na sua última carta pastoral, além de agradecer a audiência que o Papa Francisco lhe tinha concedido no dia 7 de novembro imediatamente anterior, pediu, tal como fazia muitas vezes, que se acompanhasse o Papa com orações pela sua pessoa e intenções.
Escreveu numerosas cartas pastorais; e publicou vários livros de espiritualidade: Itinerários de vida cristã, Para servir a Igreja, Getsemaní, Eucaristia e vida cristã, Viver a Santa Missa, Creio, cremos. A sua última obra é uma coleção de meditações sobre as obras de misericórdia com o título Misericórdia e vida quotidiana.
Foi membro da Congregação para as Causas dos Santos, e da Assinatura Apostólica. Participou nos sínodos dos bispos de 2001, 2005 e 2012 e nos sínodos dedicados à América (1997) e à Europa (1999).
Faleceu em Roma no dia 12 de dezembro de 2016, por insuficiência respiratória.
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