Opus Deiko gobernuan, prelatuak, hurrengo kontseiluen lankidetza du: Aholkularitza Nagusia, emakumeena, eta Kontseilu Orokorra, gizonena. Biek dute egoitza Erroman.

Prelatutzako batzar orokorrak zortzi urterik behin egiten ohi dira, Opus Deik lan egiten duen herrialdeetako kideen parte hartzearekin. Batzar horietan prelatutzako apostolutza-zeregina aztertu eta gerorako pastoralgintzako bideak proposatzen zaizkio prelatuari. Prelatuak, batzarrean, berriztatu egiten ditu bere kontseiluak.

Prelatu berria izendatu behar denean, hautatzeko batzar orokorra egiten da. Prelatua hautatua da —zuzenbide unibertsal eta partikularreko arauen arabera— prelatutzako apaizen artean, zenbait baldintza bete behar izanik: adina, Opus Dein antzinatasuna, apaizgoan esperientzia eta beste batzuk. Hautatzea, Aita Santuak berretsi behar du, horretara emanaz prelatuaren ofizioa. Gaur egun, Opus Deiko prelatua, Javier Etxebarria monsinorea da.