En el gobierno del Opus Dei, el prelado cuenta con la colaboración de un consejo de mujeres, la Asesoría Central, y otro de hombres, el Consejo General. Ambos tienen su sede en Roma.
Los congresos generales de la prelatura se celebran ordinariamente cada ocho años, con participación de miembros procedentes de los distintos países donde está presente el Opus Dei. En esos congresos se estudia la labor apostólica de la prelatura y se proponen al prelado las líneas para su futura actividad pastoral. El prelado procede en el congreso a la renovación de sus consejos.
Cuando es preciso nombrar nuevo prelado, se convoca con este fin un congreso general electivo. El prelado es elegido —según las normas del derecho universal y particular— entre los componentes del presbiterio de la prelatura que reúnen ciertas condiciones: edad, antigüedad en el Opus Dei, experiencia sacerdotal y otras. Su elección ha de ser confirmada por el Papa , que de ese modo confiere el oficio de prelado. La Curia Prelaticia tiene su sede central en: Viale Bruno Buozzi 73, 00197, Roma, Italia.
La prelatura se distribuye en áreas o territorios llamados regiones. Al frente de cada región —cuyo ámbito puede o no coincidir con un país— hay un vicario regional, con sus consejos: Asesoría Regional para las mujeres y Comisión Regional para los hombres.
Algunas regiones se subdividen en delegaciones de ámbitos más reducidos. En este caso, se repite la misma organización del gobierno: un vicario de la delegación y dos consejos.
Finalmente, a nivel local existen los centros del Opus Dei, que organizan los medios de formación y la atención pastoral de los fieles de la prelatura de su ámbito. Los centros son de mujeres o de hombres. En cada uno hay un consejo local, presidido por un laico —la directora o el director— y con al menos otros dos fieles de la prelatura. Para la específica atención sacerdotal de los fieles adscritos a cada centro, el Ordinario de la prelatura designa un sacerdote de su presbiterio.
Ningún cargo de gobierno, salvo el del prelado, es vitalicio.