Todos los grandes santos han estado marcados con la Cruz, han sido objeto de incomprensiones, celotipias, maledicencias, calumnias o abiertas persecuciones. El Fundador del Opus Dei no fue una excepción. El camino de santidad que por querer de Dios tenía que abrir era, como él nos decía, "viejo como el Evangelio y como el Evangelio nuevo", pero algunas mentes de la primera mitad del siglo XX no estaban preparadas para comprenderlo. Por eso, desde los comienzos chocó con la incomprensión de personas que consideraban una locura promover una vida de completa entrega a Dios en medio del mundo. Las contradicciones crecieron con la fuerte expansión del Opus Dei después de la guerra civil española.
No es fácil señalar los motivos que desataron la alarma primero y enseguida la acusación abierta y violenta contra el Opus Dei, por parte de algunos religiosos y eclesiásticos. El propio Fundador nos decía que, por venir de personas entregadas a Dios, debíamos partir de la idea de que lo hacían pensando que de ese modo agradaban a Dios, putantes obsequium se praestare Deo, como dice san Juan. Al desconocer la realidad del Opus Dei, no lo entendían y pensaban de buena fe que podía confundir a las almas.
La alarma pudo surgir inicialmente al saber que algunos universitarios que acudían por la residencia de Jenner comenzaban a llevar una vida de piedad intensa y a buscar la santidad entregados al Señor en el Opus Dei, sin abandonar sus estudios. Eso fue visto como algo que podía apartar de la vocación a la vida religiosa a jóvenes generosos, para seguir en cambio un camino de santidad en el mundo que consideraban lleno de peligros y contrario a la mentalidad imperante. No percibían que la vocación a la Obra es de naturaleza radicalmente distinta de cualquier vocación a la vida religiosa: quien tiene vocación al Opus Dei es imposible que la tenga para hacerse religioso, y al contrario. Quizás pensaban, además, que la labor apostólica con universitarios, que veían entonces como principal campo del Opus Dei, estaba ya suficientemente atendida, y temían interferencias con efectos negativos. Con esa disposición de ánimo, no era difícil que interpretaran de modo equivocado informaciones parciales o erróneas que les llegaran; y que tuvieran por peligroso, o aun del todo desviado, lo que era fruto de un recto amor de Dios.
Las contradicciones surgieron primero en Madrid, luego en Barcelona y se extendieron después a otras ciudades en las que el Opus Dei había comenzado a trabajar. Las acusaciones eran muy variadas y resultaban ya entonces peregrinas e inconcebibles. Por ejemplo, algunas mentes ignorantes y enfermizas confundieron unos textos de la Sagrada Escritura grabados en madera en el oratorio de la residencia de Jenner -que incluían cruces y símbolos eucarísticos- con frases misteriosas y signos cabalísticos.Aunque cueste creerlo, las murmuraciones y calumnias se vertían no sólo en el ámbito privado, sino también en grupos, en visitas a familiares de personas de la Obra o en reuniones públicas. La ola de insidias se propagaba de unos religiosos a otros, también a religiosas, y de unas ciudades a otras. En alguna comunidad de religiosas se rezaba asiduamente por la conversión de los calificados como "herejes". Se espió a quienes frecuentaban las residencias de estudiantes y centros del Opus Dei para identificarlos y advertirles, a ellos o a sus familias, del grave riesgo que corrían sus almas. Se expulsó también públicamente de una asociación piadosa a algunos de sus miembros, por mantener relación con el Opus Dei. En algún caso, se presionó con perjuicios económicos para que se cortara esa relación. En Barcelona se hizo la pantomima de un auto de fe en el que se condenó Caminoa la hoguera. En 1942, don Casimiro Morcillo, entonces Vicario General de Madrid, informó al Padre de que le habían acusado ante la Santa Sede por el contenido de Camino. Y se provocaron muchas otros enredos que hoy harían reír, si no se tratara de muy graves injusticias.
Desde los ambientes religiosos y eclesiásticos se extendió la contradicción a los civiles y políticos. Se convirtió en comidilla y tema de chismorreo de muchos. Se hizo campaña organizada, en la que participaban religiosos, gentes de sacristía, grupos de "católicos oficiales" amigos del exclusivismo religioso, políticos monopolistas, y universitarios y políticos laicistas. Y personas ligeras, ingenuas o ignorantes contribuían con su papel de correveidiles a propalar las maledicencias y calumnias. Con distintas motivaciones, se pretendía -comentó en alguna ocasión el Padre- matar a la criatura en el seno de su madre, que eso era entonces el Opus Dei. Como a la mala hierba, se la quería arrancar de raíz.
Se presentaron denuncias formales y se abrieron expedientes informativos ante los poderes públicos civiles. Se acusó en concreto al Opus Dei de ser una secta secreta judeo-masónica ante el Tribunal de Represión de la Masonería, creado poco antes como órgano para la seguridad del Estado. Los magistrados encargados de indagar el caso informaron al presidente, el General Saliquet, de que las personas de la Obra parecían ser cristianos, trabajadores, gente honrada y que vivían castidad. Al reafirmarse los magistrados en este último punto, el presidente concluyó tranquilo: "Si viven la castidad, no son masones". Y archivó el asunto.
En los servicios de la Secretaría General del Movimiento, en manos de sectores falangistas, se elaboró un informe plagado de calumnias contra el Padre y el Opus Dei. Su origen pudo provenir de algunos defensores del totalitarismo político que, sin fundamento alguno, recelaban de una labor apostólica con jóvenes universitarios fuera de su control: temían quizá que eso dificultara la pretendida unidad política de entonces. Cuando Fray José López Ortiz, a quien se le saltaban las lágrimas, dio a conocer ese informe al Padre, este le dijo: "No te preocupes, Pepe, porque todo lo que dicen aquí, gracias a Dios, es falso: pero si me conociesen mejor, habrían podido decir con verdad cosas mucho peores, porque yo no soy más que un pecador que ama con locura a Jesucristo".
Hubo también denuncias a la policía y al poder gubernativo. En Barcelona alcanzaron gran intensidad. El Padre había estado allí varias veces para iniciar la labor apostólica en los últimos meses de 1939 y durante 1940, pero a finales de este último año las calumnias se habían hecho muy violentas. Precisamente por esto quiso volver, aunque solo fuera unas horas, para confortar a sus hijos. El Nuncio, Mons. Cicognani, a quien también habían llegado acusaciones contra el Opus Dei y se había convencido de la falsedad de las patrañas, aconsejó al Padre que sacara el billete de avión con un nombre menos identificable. El Padre siguió su consejo y dio el apellido E. de Balaguer, en lugar de utilizar el de Escrivá, que era entonces como más se le conocía. Tiempo más tarde, el que en esas fechas era Gobernador Civil de Barcelona, Antonio Correa Veglison, contaba que eran tales las cosas que le habían dicho contra don Josemaría que, de haber conocido su llegada, le habría hecho detener. No deja de ser sorprendente que toda esa polvareda se hubiera levantado en Barcelona, cuando allí los miembros de la Obra no debían de superar entonces la media docena.
El Padre sólo daba a conocer muchos de estos hechos a Álvaro. Muy rara vez, de modo muy genérico y sin dar nombres, nos contaba a los del Centro de Estudios algo de lo que ocurría. Nos pedía entonces que no comentáramos entre nosotros esas noticias, para no faltar a la caridad con nadie. También llegaba alguna noticia a la Abuela, que le dijo un día compadecida: "Hijo mío, no tienes un día sano". El Fundador comentó alguna vez a Álvaro a primera hora de la mañana: "¿Desde dónde me calumniarán hoy?", o por la noche: "¿Desde dónde nos insultarán mañana?".
Los ataques se dirigían directamente contra el Padre. Él era el hereje, el embaucador, el loco que pretendía el imposible de promover la santidad en medio de la calle. Años después comentaba: "Yo tenía -no es cosa mía, es gracia de Dios Nuestro Señor- la psicología del que no se encuentra nunca solo, ni humana ni sobrenaturalmente solo. Tenía un gran compromiso divino y humano... Esto me ha hecho callar ante cosas objetivamente intolerables: ¡hubiera podido producir un buen escándalo! Era muy fácil, muy fácil... Pero no, he preferido callar, he preferido ser yo personalmente el escándalo, porque pensaba en los demás". Por esa gran fe y por su inmensa caridad con todos, aquellas duras contradicciones, aunque muy penosas, no turbaron su ánimo, ni redujeron su alegría, buen humor y celo apostólico.
El Padre había meditado profundamente la Pasión del Señor y retenía bien grabado el comentario del evangelista: "Pero Jesús callaba" (Mateo 26, 63), cuando los falsos testigos acusaban al Señor ante Caifás. Su postura fue siempre de perdón y de silencio. No quiso perder el tiempo en debates, ni poner de manifiesto las extravagancias, zafias falsedades y ridiculeces que corrían de boca en boca irresponsablemente. No quería poner en evidencia a las personas: prefería rezar por sus almas.
El buen humor del Padre continuaba intacto. Una vez le contaron que había sido acusado de simular levitaciones en el oratorio, y contestó riendo, aludiendo al buen peso corporal que tenía entonces: "¡Sería un milagro de primera categoría!". En Barcelona se decía algo tan absurdo como que en la cruz de palo que se había puesto en el Palau se hacían ritos sangrientos. Al enterarse, el Padre indicó que se sustituyera aquella cruz por otra muy pequeña, de modo que no cupiera ni un recién nacido: "Así no podrán decir que nos crucificamos, porque no cabemos".