Obtuvo la licenciatura en Teología en la Pontificia Universidad Lateranense en 1969 y el doctorado en la Universidad de Navarra en 1971, año en que fue ordenado sacerdote. Ha sido profesor ordinario de Teología Fundamental en la Universidad Pontificia de la Santa Cruz.
Desde 1986 es consultor de diversos organismos de la Curia romana: Congregación para la Doctrina de la Fe (desde 1986), Congregación para el Clero (desde 2003) y Pontificio Consejo para la Promoción de la Nueva Evangelización (desde 2011).
Es miembro de la Pontificia Academia Teológica desde 1989. Fue nombrado Vicario General de la Prelatura del Opus Dei el 23 de abril de 1994.
En sus publicaciones ha tratado preferentemente temas de índole teológica y filosófica. Entre los libros que ha escrito se cuentan: The mystery of Jesus Christ: a Christology and Soteriology textbook; Hijos de Dios en Cristo. Introducción a una teología de la participación sobrenatural; Amor a Dios, amor a los hombres; El marxismo: teoría y práctica de una revolución; Voltaire; Tratado sobre la tolerancia; Naturaleza, gracia y gloria. Además, es coautor de numerosas monografías. En 2013 se publicó una extensa entrevista de Rafael Serrano bajo el título Sobre Dios, la Iglesia y el mundo.