Cuando se incorporó, don Josemaría conoció cuáles eran sus nuevos deberes. A cargo del capellán corrían los actos de culto del Patronato de Enfermos. El quehacer diario comenzaba a primera hora de la mañana, para dejar el Santísimo expuesto en la iglesia hasta las 4 de la tarde. A las 8, celebraba la Misa de la comunidad, por lo general en el altar de las Ánimas del Purgatorio. Además, las religiosas tenían una capilla doméstica en el piso alto del patronato y cuando había que renovar el Santísimo reservado, decía allí la misa a la que, además de la comunidad, solían asistir los enfermos hospitalizados en la enfermería, que estaba junto a ese oratorio. A las 3.30 de la tarde, dirigía el rezo del santo rosario y a continuación hacía la reserva del Santísimo. Una de las damas auxiliares, Emilia Zabaleta, tocaba el órgano y su hermana Rosario cantaba los motetes.
Éstas eran las tareas que correspondían al capellán en la sede del patronato. Pero, muy pronto, don Josemaría amplió su trabajo ministerial en el Patronato de Enfermos. En las mañanas de los sábados pasaba muchas horas en el confesonario para atender a los enfermos hospitalizados en el centro y a los pobres que eran asistidos de diversas necesidades ese día. Además, los domingos confesaba a niños y a niñas, alumnos de las múltiples escuelas próximas al patronato, que asistían a las Misas que durante la mañana se celebraban para ellos en la iglesia. También, en época de Primeras Comuniones, tres días antes de la ceremonia solía dar la catequesis preparatoria y, junto a otros sacerdotes, tenía largas sesiones de confesionario. Con ocasión de triduos en fiestas determinadas, o cuando más adelante se organizaron tandas de ejercicios espirituales para señoras en el patronato, también oficiaba los cultos eucarísticos extraordinarios de esos días. Anualmente celebraba los oficios de Semana Santa12.
