Antoni Pujals realizó la carrera de Derecho en la Universidad de Barcelona. Posteriormente, se trasladó a Roma para completar sus estudios de Teología.
Desde 1980 hasta 2002 trabajó en la sede central del Opus Dei, junto a Mons. Álvaro del Portillo y Mons. Javier Echevarría.
Obtuvo el doctorado en Derecho Canónico por la Pontificia Universidad de la Santa Cruz con un trabajo titulado "La relación jurídica de incardinación según el Código de 1983".
Desde 2002 hasta 2016 ha sido vicario del Opus Dei en Cataluña.
En enero de 2017, fue nombrado vicario secretario central por Mons. Fernando Ocáriz, Prelado del Opus Dei. Desde mayo de 2019 es el vicario general.