El Fundador del Opus Dei era un universitario. Había realizado en Zaragoza, además de sus estudios eclesiásticos, la Licenciatura en Derecho; y fue luego a Madrid para hacer el doctorado, que entonces sólo podía obtenerse en esa Universidad. Cuando Dios le hizo ver el Opus Dei, pospuso la tesis doctoral a ese querer divino, pero no la abandonó. Reemprendió esa tarea con un nuevo tema en Burgos, en 1938, y a finales de 1939 obtuvo en Madrid el grado de doctor. Dio clases a universitarios en Zaragoza y en Madrid y mantenía relación personal con buen número de profesores universitarios. Poseía una amplia cultura y una privilegiada inteligencia, que aplicaba de modo especial a las ciencias jurídicas y teológicas y a enriquecer con imágenes y anécdotas su predicación. Alguna vez le sugirieron que se presentara a oposiciones a cátedras universitarias, pero siempre tuvo muy claro su deber de dedicarse por entero al Opus Dei.

Con su experiencia y esa formación universitaria, advertía con aguda sensibilidad la huella que un educador deja en sus alumnos, el bien o el daño que puede hacer un profesor desde su cátedra, el influjo del escritor en sus lectores, o el del pensador o comentarista con sus artículos. Era urgente hacer presente a Cristo en esos campos, mediante profesionales que fuesen buenos cristianos.

Las primeras labores apostólicas corporativas del Opus Dei fueron abiertamente civiles y educativas: la Residencia DYA, para estudiantes de Arquitectura y de Derecho, y la residencia de Estudiantes de la calle de Ferraz, para universitarios. A partir de 1939, primero en Madrid y luego en otras ciudades (Valencia, Granada, Santiago, Bilbao, Barcelona, Zaragoza), se multiplicaron las residencias universitarias, que se configuraron después en España como Colegios Mayores. Más tarde, en 1952, fundó la Universidad de Navarra y promovió otras en diversos países.

Persuadido del bien que podían hacer los cristianos con su trabajo académico bien hecho, el Padre entendía que la dedicación a la Universidad debía estar muy presente en el horizonte profesional de los católicos. Y cuando en las personas que trataba descubría condiciones e inclinación hacia esas tareas, les alentaba por ese camino, les hacía ver el hondo contenido humano y cristiano de la misión del profesor, como educador e investigador. Si sentían esa vocación profesional, les animaba a no posponerla ante mejores perspectivas económicas o de más alta consideración social. Quería que entendieran el elevado servicio que implica el buen magisterio universitario.