O governo da Prelatura do Opus Dei corresponde ao Prelado, que é nomeado pelo Papa. Para poder levar a cabo de maneira eficaz a sua tarefa pastoral, o Prelado conta com um vigário à frente de cada uma das circunscrições territoriais em que se distribui a prelatura pelo mundo.

Em cada país, o vigário regional do Opus Dei é ajudado, na sua missão por dois órgãos colegiais: a Comissão Regional, para os homens; e a Assessoria Regional, para as mulheres.

Mons. José Rafael nasceu em Lisboa em 15 de março de 1959. Depois de ter completado o ensino secundário em Lisboa, licenciou-se em Engenharia Civil na Universidade de Coimbra (1982), onde foi assistente universitário.

Realizou os estudos eclesiásticos em Roma, foi ordenado sacerdote em 1987 e, posteriormente, desenvolveu o seu ministério sobretudo no meio juvenil e universitário. Colaborava desde 1997 com o seu antecessor, Mons. António Barbosa.

Foi nomeado Vigário Regional em Portugal, em 2002, por D. Javier Echevarría, Prelado do Opus Dei.

A sede do Opus Dei em Portugal encontra-se na Rua Esquerda do Paço do Lumiar, 54, 1600-447 Lisboa.