José Javier Marcos nasceu em Palencia (Espanha) no dia 19 de março de 1961. Estudou Direito nas Universidades de Valladolid e León. É Doutor em Teologia pela Universidade Pontifícia da Santa Cruz.

De 1984 a 1990 dedicou-se à prática da advocacia em Burgos (Espanha), onde foi Presidente do Agrupamento de advogados jovens e, além de assistir a vários congressos e reuniões sobre questões jurídicas, participou como assessor numa comissão especial sobre a problemática da dependência das drogas e ajuda aos drogados (1987-1990).

Em 1992 foi nomeado Diretor de promoção e desenvolvimento e membro do Conselho do Reitor da Universidade da Santa Cruz, coordenando e dirigindo as áreas de promoção económica, gabinete de informação, assessoramento jurídico, publicações e o departamento de pessoal.

Após a sua ordenação sacerdotal em 1998, ensinou Teologia moral. É autor de diversas publicações sobre afetividade e vida moral cristã.

Em 2010 foi nomeado Vigário Secretário Central da Prelatura do Opus Dei, cargo que ocupou até 2016.