De modo lógico, experimentou desgosto quando comprovou o cariz anti-clerical de muitos dos decretos-leis que se foram promulgando; junto com a passividade das autoridades perante alguns abusos.
Depois da queima de igrejas do dia 11 de maio de 1931, o Fundador escreveu: “Começou a perseguição. No dia 11, segunda-feira, acompanhado por Manuel Romeo, depois de me vestir à paisana com um fato de Colo, comunguei a Hóstia da lúnula e, com uma Píxide cheia de hóstias consagradas, embrulhada numa batina e nuns papéis, saímos do Patronato [de Santa Isabel (do qual S. Josemaria era capelão desde 1931 e que era constituído por duas comunidades de religiosas)] por uma porta lateral, como ladrões.
Essa noite e as de 12 e 16 (desta última vez devido a um falso alarme) tive o Senhor na casa de Pepito” (Apuntes, n. 202, 20-V-1931, citado em VÁZQUEZ DE PRADA, A., Josemaria Escrivá. Fundador do Opus Dei, Vol. I: Senhor, que eu veja!, Editorial Verbo, Lisboa 2002, p. 328).
No dia 13 de maio de 1931, perante o perigo de queimar o Patronato, mudou de domicílio, junto com a sua mãe e os seus irmãos para um andar próximo, na rua de Viriato, n. 22. “No dia 13, soubemos que tentavam queimar o Patronato; às quatro da tarde saímos com as nossas coisas para a rua de Viriato, n. 22, para um mau quarto - interior - que encontrei providencialmente” (Apuntes, n. 202, 20-V-1931, citado em VÁZQUEZ DE PRADA, A., Josemaria Escrivá. Fundador do Opus Dei, Vol. I: Senhor, que eu veja!, Editorial Verbo, Lisboa 2002, p. 329).
Um exemplo da sua atitude é uma carta que escreve S. Josemaria a Isidoro Zorzano no dia 5 de maio de 1931 na qual «além de insistir em não deixar a meditação nem a Comunhão e que tenha confessor fixo, se refere à nova situação do país. O Opus Dei não tem preferências políticas e cada membro, sempre de modo coerente com a vocação cristã, forma de modo livre as suas opiniões pessoais. “As mudanças políticas não te deem frio nem calor: que só te importe que não ofendam a Deus”» (PERO-SANZ, J. M., Isidoro Zorzano Ledesma, 2ª ed., Palabra, Madrid 1996, p. 126).
No meio de aquele contexto social dominado pelos extremismos, comportou-se sempre de forma serena e sacerdotal; e vendo como o convívio social se ia deteriorando num clima de ódios, rancores e desejos de revolta, dava este conselho aos que o seguiam, um conselho que repetiu muitas vezes ao longo da sua vida: “rezar, perdoar, compreender, desculpar”.
Entre os seus amigos contavam-se militantes republicanos, como Cándido Baselga, um homem de Barbastro, que depois da guerra foi duramente castigado. Esteve na prisão vários anos em dois períodos sucessivos, na década dos anos quarenta, sendo acusado de ter sido dirigente do partido União Republicana e de ter formado parte da maçonaria. S. Josemaria visitou-o e consolou-o no cárcere e interessou-se pela sua sorte. A relação entre ambos (epistolar, a partir do momento em que S. Josemaria passou a residir em Roma) só se interrompeu com a morte de Baselga em 1972.