O evangelho de São João refere como no dia seguinte ao sábado, Maria Madalena se dirige ao sepulcro de Jesus e, ao ver a pedra que o fechava deslocada, lançou-se a correr para o anunciar a Simão Pedro e ao discípulo amado. Ao receber a notícia ambos correm para o sepulcro, onde Maria regressa mais tarde e tem um encontro com Jesus ressuscitado (Jo 20, 1-18). Isto é tudo o que os evangelhos nos dizem sobre a relação de Pedro com Maria Madalena. Do ponto de vista histórico não se pode acrescentar nada mais. O Evangelho de Pedro, evangelho apócrifo talvez do século II, que relata as últimas cenas da paixão, a ressurreição e as aparições de Jesus ressuscitado, refere-se a ela como “discípula do Senhor”.
Na literatura marginal originada nos círculos gnósticos encontram-se alguns escritos em que se observam confrontos entre Pedro e Maria. Como premissa, convém recordar que são textos que não têm carácter histórico e que recorrem a diálogos fictícios entre diversos personagens, como meio para transmitir as doutrinas gnósticas. O Evangelho de Maria é um destes textos, onde se relata a incompreensão de Pedro relativamente à revelação secreta que Maria recebeu (ver a pergunta Que diz o “Evangelho de Maria [Madalena]”?). Outro escrito, ao que parece mais antigo, é o Evangelho de Tomé. Neste, narra-se, no final, que Simão Pedro disse: “Que Mariham se afaste de nós, pois as mulheres não são dignas da vida!”. Ao que Jesus respondeu: “Olha, eu encarregar-me-ei de a fazer varão, de maneira que também ela se converta num espírito vivente, idêntico a vós os homens: pois toda a mulher que se faça varão, entrará no reino do céu”. Também na Pistis Sophia Pedro se impacienta e protesta, porque Maria compreende melhor que os restantes os mistérios em sentido gnóstico e é louvada por Jesus: “Senhor, não permitas falar sempre a esta mulher, porque ocupa o nosso posto e não nos deixa falar nunca” (54b). Aqui, no entanto, a presença de Marta pode sugerir que a Maria que aparece não é a Madalena mas a irmã de Marta e Lázaro, embora se possam também ter identificado as duas Marias. Nestes textos observam‑se traços herdados da mentalidade rabínica, segundo a qual as mulheres eram incapazes de apreciar a doutrina religiosa (cf. Jo 4, 27), e elementos próprios da antropologia gnóstica, onde o feminino ocupa um lugar destacado como veículo de comunicação de revelações esotéricas.
As relações entre Pedro e Maria Madalena devem ter sido semelhantes às que havia entre Pedro e João, Pedro e Paulo, Pedro e Salomé, etc. Isto é, as próprias daquele que estava à frente da Igreja com os outros que tinham sido discípulos do Senhor e que, depois da sua ressurreição, davam testemunho do ressuscitado e proclamavam o Evangelho. Outras relações são fantasia.