Dos evangelhos deduz-se que Maria Madalena sentia um grande amor por Jesus. Tinha sido libertada por ele de sete demónios, seguia-o como discípula, assistia-o com os seus bens (Lc 8, 2-3) e esteve com Maria, a Mãe de Jesus, e as outras mulheres, quando Jesus foi crucificado (Mc 15, 40-41 e par.). Foi, de acordo com os evangelhos, a primeira a quem apareceu Jesus depois da ressurreição, depois de O procurar com lágrimas (Jo 20, 11-18). Daí a veneração que teve na Igreja como testemunha do ressuscitado. (Ver a pergunta Quem foi Maria Madalena?). Destas passagens não se pode deduzir nem que tenha sido uma pecadora, nem muito menos que tenha sido mulher de Jesus.
Os que sustentam esta última opinião recorrem ao testemunho de alguns evangelhos apócrifos. Todos eles, talvez com a excepção de uma parte do Evangelho de Tomé, são posteriores aos evangelhos canónicos e não têm carácter histórico, dado que são um instrumento para transmitir ensinamentos gnósticos.
Segundo estas obras – que embora levem o nome de evangelhos, não são propriamente tais, mas antes escritos com revelações secretas de Jesus aos seus discípulos depois da ressurreição – Mariam (ou Mariamne ou Mariham) – não aparece o nome de Madalena salvo em uns poucos livros – é a que entende melhor essas revelações. Por essa razão é a preferida de Jesus e a que recebe uma revelação especial. A oposição que em alguns destes textos (Evangelho de Tomé, Diálogos do Salvador, Pistis Sophia, Evangelho de Maria) mostram os apóstolos em relação a ela por ser mulher, reflecte a consideração negativa que alguns gnósticos tinham pelo feminino, e a condição de Maria como discípula importante. No entanto, alguns querem ver nesta oposição um reflexo da posição da Igreja oficial de então, que estaria contra a liderança espiritual da mulher que propunham estes grupos. Nada disto é demonstrável. Essa oposição pode antes entender-se como um conflito de doutrinas, as de Pedro e dos outros apóstolos, frente às que estes grupos gnósticos propagavam em nome de Mariam. Em qualquer caso, o facto de se recorrer a Maria é uma forma de justificar os seus fundamentos gnósticos.
Noutros evangelhos apócrifos, especialmente no Evangelho de Filipe, Mariam (desta vez citada também com o nome de origem, Madalena) é modelo do gnóstico, precisamente pela sua feminilidade. Ela é símbolo espiritual do seguimento de Cristo e da união perfeita com ele. Neste contexto fala-se de um beijo de Jesus a Maria (se é que o texto se pode entender realmente assim), que simbolizam essa união, já que mediante esse beijo, uma espécie de sacramento superior ao baptismo e à eucaristia, o gnóstico se gerava a si mesmo como gnóstico. O tom destes escritos não tem qualquer significado sexual. Por isso, nenhum estudioso sério entende estes textos como um testemunho histórico de uma relação sexual entre Jesus e Maria Madalena. É muito triste que esta acusação, que não tem nenhum fundamento histórico, já que nem sequer os cristãos da época se viram obrigados a polemizar para se defenderem dela, ressurja de vez em quando como uma grande novidade.